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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】meshcutoff 这个值
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yashumimi

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】meshcutoff 这个值

meshcutoff的设定问题
以前做参数收敛的时候从100Ry算到500Ry
出现这个问题
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   313.063 Ry
rank 3 in job 1  ws_37899   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: killed by signal 9

貌似内存不够

请问怎么解决？

顺便问一下不同大小的体系这个值可以改变么 如果变化 出来的结果有对比度可言么？
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1楼 2011-01-19 16:52:52
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-01-19 20:44:43
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2011-01-19 09:52:52:
meshcutoff的设定问题
以前做参数收敛的时候从100Ry算到500Ry
出现这个问题
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   313.063 Ry
rank 3 in job 1  ws_37899   caused collective abort of all ...

不同的体系应该是分别需要做收敛测试。即使是同样的体系，不同的条件下可能这个值也需要不同的值。我觉得这个肯定可以比较的。前提是比较的结果对这个量是收敛的，也就是说再增加这个值，要比较的结果已经变化很小，起码比你比较的量的差值小的多。这样比较才有意义，只有收敛，结果也才有意义。
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2楼2011-01-19 17:04:41
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nanoseer

金虫 (小有名气)
★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-03-13 19:30:45
内存不够加内存啊；
我倾向于用同样的截断能做比较
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3楼2011-01-20 01:22:43
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mrzouhao

木虫之王 (文坛精英)
★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-01-20 08:28:18
是不是该根据比较值的变化大小确定参数
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5楼2011-01-20 08:05:51
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by nanoseer at 2011-01-20 01:22:43:
内存不够加内存啊；
我倾向于用同样的截断能做比较

请问怎么加内存？
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6楼2011-01-20 11:53:48
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by mrzouhao at 2011-01-20 08:05:51:
是不是该根据比较值的变化大小确定参数

是啊  用能量做为参考 不过参数算不下去也没法比较啊
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7楼2011-01-20 11:56:22
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yashumimi

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-01-19 17:04:41:

不同的体系应该是分别需要做收敛测试。即使是同样的体系，不同的条件下可能这个值也需要不同的值。我觉得这个肯定可以比较的。前提是比较的结果对这个量是收敛的，也就是说再增加这个值，要比较的结果已经变化很 ...

不同的条件 值设定不一样的话 计算精度应该也不同吧 我也比较倾向于在同一参数下算一个体系的东西 才有对比性吧
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8楼2011-01-20 11:57:50
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tic2009

金虫 (初入文坛)
★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
gzqdyouxia(金币+1): 谢谢交流 2011-03-13 17:25:16
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2011-01-19 16:52:52:
meshcutoff的设定问题
以前做参数收敛的时候从100Ry算到500Ry
出现这个问题
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   313.063 Ry
rank 3 in job 1  ws_37899   caused collective abort of all ...

一般取值150-200 Ry，再大基本没用，对同一系列必须固定才有比较意义
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9楼2011-03-13 17:18:47
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hitchar514

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-03-16 08:56:09
引用回帖:
Originally posted by yashumimi at 2011-01-19 16:52:52:
meshcutoff的设定问题
以前做参数收敛的时候从100Ry算到500Ry
出现这个问题
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   313.063 Ry
rank 3 in job 1  ws_37899   caused collective abort of all ...

原则上来讲 截断半径越大 肯定计算出的效果越好 越精确 但是基于硬件的限制 截断半径一般不会取的特别大 我一般是能量相差在0.1ev左右的时候 就不会再增大截断半径了 已经趋于收敛就可以了 做前测试下取一个能量下降斜率相对比较小的就可以 截断半径越大体系能量肯定越小 体系越稳定 没个头的
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10楼2011-03-16 00:43:51
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kaypu

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-19 17:15:17
引用回帖:
Originally posted by hitchar514 at 2011-03-16 00:43:51:
原则上来讲 截断半径越大 肯定计算出的效果越好 越精确 但是基于硬件的限制 截断半径一般不会取的特别大 我一般是能量相差在0.1ev左右的时候 就不会再增大截断半径了 已经趋于收敛就可以了 做前测试下取一个能量 ...

请问 这个 mesh cut off是截断半径吗？ 这个是在解泊松方程的时候 积分的网格的选取吧， 如果这个值越大的话 就是积分的网格取得比较多 积分比较精细。 我也是新手 不知道这种说法对不对
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11楼2011-03-18 23:16:32
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corbin

银虫 (小有名气)
★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-01-19 17:04:41:
不同的体系应该是分别需要做收敛测试。即使是同样的体系，不同的条件下可能这个值也需要不同的值。我觉得这个肯定可以比较的。前提是比较的结果对这个量是收敛的，也就是说再增加这个值，要比较的结果已经变化很 ...

请问一下 meshcutoff 是什么意思？ 为什么有kmesh_cutoff，还需要meshcutoff？
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12楼2011-03-19 16:54:08
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-03-19 17:15:30
引用回帖:
Originally posted by corbin at 2011-03-19 09:54:08:
请问一下 meshcutoff 是什么意思？ 为什么有kmesh_cutoff，还需要meshcutoff？

看一下手册吧。一个是与k点有关，一个是与计算的时候的格点密度有关。
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13楼2011-03-19 16:56:31
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corbin

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2011-03-19 16:56:31:
看一下手册吧。一个是与k点有关，一个是与计算的时候的格点密度有关。

看过了，就是不太理解，计算应该是在k空间中进行的，为什么还要一个实空间的网格密度参数？
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14楼2011-03-19 19:32:19
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libo1987

银虫 (初入文坛)
★
yashumimi(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by corbin at 2011-03-19 16:54:08:
请问一下 meshcutoff 是什么意思？ 为什么有kmesh_cutoff，还需要meshcutoff？

赝势给出的值比如从siesta官网上down下来的C.psf 说明里的cutoff=120 跟这个值设定有没有关系？
比较混乱 求教
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15楼2011-03-25 22:20:46
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zyxme4楼
2011-01-20 06:48   回复  
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