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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » 【求助】abinit 内存要2.73G,算不动咋办？
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oscar5667

新虫 (著名写手)

[交流] 【求助】abinit 内存要2.73G,算不动咋办？

算个晶体的介电常数，23个原子，弄好了输入文件和赝势文件，

计算1秒钟后出log说内存需要2783.030 Mbytes
================================================================================
P This job should need less than                    2783.030 Mbytes of memory.
  Rough estimation (10% accuracy) of disk space for files :
  WF disk file :    901.760 Mbytes ; DEN or POT disk file :      0.529 Mbytes.
STOP 1
================================================================================

Biggest array : cg(disk), with    901.7598 MBytes.
memana : allocated an array of    901.760 Mbytes, for testing purposes.

memana : ERROR -
  Test failed to allocate    2783.030 Mbytes
  It is not worth to continue
  Action : modify input variable to fit the available memory.
  or increase limit on available memory.
===========================================================================
我这体系是不是太大了，我的工作站是4个G内存，我还以为够了，是不是abinit分派不了这么大的内存呢？谢谢专家指教！
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1楼 2011-01-18 17:33:44
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lbambool

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-01-18 19:41:44
oscar5667(金币+1): 2011-01-19 10:39:00
你4G内存是几核共用？提交时是只用一个核心算还是多核？四核的话一个核只有1G了。有些操作系统还有单 进程2G内存的限制，你查一下你的系统。
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2楼2011-01-18 19:07:14
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
★
oscar5667(金币+1): 2011-01-19 16:23:03
zhang668(金币+1): 多谢提示 2011-01-19 21:04:01
可否把k点的数量减少一些，这样应该是可以减少内存的使用量。
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3楼2011-01-19 09:42:49
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yy08

木虫 (著名写手)
★
zhang668(金币+1): 多谢交流 2011-01-19 21:04:13
引用回帖:
Originally posted by lbambool at 2011-01-18 19:07:14:
你4G内存是几核共用？提交时是只用一个核心算还是多核？四核的话一个核只有1G了。有些操作系统还有单 进程2G内存的限制，你查一下你的系统。

是这样的，所以你只能用一个核去算。
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4楼2011-01-19 10:15:57
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oscar5667

新虫 (著名写手)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by lbambool at 2011-01-18 19:07:14:
你4G内存是几核共用？提交时是只用一个核心算还是多核？四核的话一个核只有1G了。有些操作系统还有单 进程2G内存的限制，你查一下你的系统。

谢谢哦，呵呵！
我的工作站是DELL T3400 两核。用的是centos 5.5系统，abinit5.7.3

提交时我也不知道是用几个核？是在输入文件里面设定吗？

刚刚接触abinit不久，不好意思！
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5楼2011-01-19 10:42:51
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lbambool

木虫 (著名写手)
两个核，每个核只分2G了
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6楼2011-01-19 12:07:50
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oscar5667

新虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lbambool at 2011-01-19 12:07:50:
两个核，每个核只分2G了

哦，是这样，有没有什么方法可以充分利用4G的内存？呵呵
要不就算不了了，嗨！
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7楼2011-01-19 13:20:53
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lbambool

木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢交流 2011-01-19 16:08:37
我没有用过abinit，但一般的软件的设置里会有限制用最大的内存，那样软件会想办法在硬盘上开辟空间来交换数据，使物理内存小于预算内存时可以进行计算，你看一下软件的说明书。
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8楼2011-01-19 14:07:29
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oscar5667

新虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by lbambool at 2011-01-19 14:07:29:
我没有用过abinit，但一般的软件的设置里会有限制用最大的内存，那样软件会想办法在硬盘上开辟空间来交换数据，使物理内存小于预算内存时可以进行计算，你看一下软件的说明书。

ok，好的，谢谢专家解答，嘿嘿
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9楼2011-01-19 16:23:35
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lbambool

木虫 (著名写手)
惭愧啊，我不是专家
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10楼2011-01-19 17:11:20
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ljludwig

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
晕，这个办法有好多种。

第一种是减少energy cutoff，即ecut;
第二种是减少K-mesh.

但是这样都不能保证收敛。所以如果保证收敛的情况下，

可以设置mkmem, mffmem等，这样的话就不通过内存来算，而是暂时存在disk上。
这样会慢一些，但是会解决内存的问题。

设置方法在帮助说明里都有：
http://www.abinit.org/documentat ... /varfil.html#mffmem

[ Last edited by ljludwig on 2013-2-7 at 03:26 ]
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11楼2013-02-07 03:25:44
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