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【求助】紧急求教读取CHGCAR的matlab脚本，谢谢
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| 现在需要深入研究vasp的CHGCAR，希望用matlab读取它，但对矩阵的读取一直没查到相关资料，求教哪位有读能提供取CHGCAR的matlab小脚本，谢谢。 |
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sunyang1988(金币+2): 谢谢帮助。这样直接粘贴可能有格式错误，如果方便请上传到网盘 2011-01-16 14:10:22
雁儿霏霏(金币+20): 谢谢大虾，能给提供个程序文件吗？粘贴有一些格式错误。邮箱：shangyan2009@gmail.com ，谢谢！ 2011-01-16 19:37:24
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% Read in CHG file to 3D matrix. fid = fopen('CHG','r'); % Read POSCAR part of CHG file: sysname = fgetl(fid); lconst = fscanf(fid,'%f',1); basisvec = fscanf(fid,'%f',[3,3])'; temp1 = fgetl(fid); temp2 = fgetl(fid); species = sscanf(temp2,'%i'); Natoms = sum(species); temp3 = fgetl(fid); atompos_f3 = fscanf(fid,'%f',[3,Natoms])'; volume = abs(dot(basisvec(1,  ,cross(basisvec(2,,basisvec(3,)))*lconst^3;% Read charge density data. (i,j,k) value in i+(j+k*Ny)*Nx, with coordinate % system defined by basis vectors!: gridsize = fscanf(fid,'%i',3); Nx = gridsize(1); Ny = gridsize(2); Nz = gridsize(3); temp4 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]); density_sub_h1_surf=reshape(temp4,Nx,Ny,Nz)/volume; % % Magnitization (if present): % temp5 = fscanf(fid,'%i',3); % temp6 = fscanf(fid,'%f',[Nx*Ny*Nz,1]); % magn_lowacc_t2_N�蕆eshape(temp6,Nx,Ny,Nz)/volume; % minval = min(min(min(density))); % maxval = max(max(max(density))); % For rectangular unit cell, unit axes: % Plot isosurface: % prect = patch(isosurface(density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none'); % isonormals(density,prect); % %axis tight; % camlight; lighting phong; % Non-rectangular (general) unit cell: % Need to created position 3D matrices xtemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1); ytemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1); ztemp = zeros(Nx*Ny*Nz,1); for k = 0:Nz-1 for j = 0:Ny-1 for i = 0:Nx-1 xtemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,1)+j/Ny*basisvec(2,1)+k/Nz*basisvec(3,1); ytemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,2)+j/Ny*basisvec(2,2)+k/Nz*basisvec(3,2); ztemp(1+i+(j+k*Ny)*Nx) = i/Nx*basisvec(1,3)+j/Ny*basisvec(2,3)+k/Nz*basisvec(3,3); end end end X = reshape(xtemp,Nx,Ny,Nz)*lconst; Y = reshape(ytemp,Nx,Ny,Nz)*lconst; Z = reshape(ztemp,Nx,Ny,Nz)*lconst; z = squeeze(Z(1,1, );ave_z_h1 = squeeze(sum(sum(density_sub_h1_surf,1),2))/(Nx*Ny); %(sqrt(2)*Nx*Ny)*lconst^2; figure %subplot(211) plot(z,ave_z_h1,'k') % figure % p = patch(isosurface(X,Y,Z,density,7.5), 'FaceColor', 'red', 'EdgeColor', 'none'); % isonormals(density,p); % % maxx = max(basisvec(:,1))*lconst; % % minx = min(basisvec(:,1))*lconst; % % maxy = max(basisvec(:,2))*lconst; % % miny = min(basisvec(:,2))*lconst; % % maxz = max(basisvec(:,3))*lconst; % % minz = min(basisvec(:,3))*lconst; % % axis([minx maxx miny maxy minz maxz]) % camlight; lighting phong; % Extract charge density along certain lines: ------------------------------ |
2楼2011-01-16 12:51:04
3楼2011-12-30 22:59:32
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