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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】关于CASTEP吸附模拟求助
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于CASTEP吸附模拟求助

如图所示  我想模拟个分子吸附到晶面表面的模型，以前一直用的是discover模块，最近看了一些文献，上面用到了castep模块算吸附，所以打算用这个模块来模拟我研究的体系吸附。
  吸附的方法：首先分别对分子和晶面进行优化，得到其能量Emole和Eslab

                      然后将优化后的分子放到也已经优化的晶面的表面，然后再进行优化，得到能量Etot
                      Eads = Etot  - Emole - Eslab

  问题：1.  优化时用几何优化这个任务吗？
            
             2. 能量是几何优化后的out文件中的能量吗？还是接着优化过的构型算能量任务？

             3. 我用FIND在out文件找能量，发现有很多而且很多都是重复的能量，那么哪一个是我要的呢？有没有标识呀？

             4. 我用dmol3可以算分子的几何优化，可是castep就不可以了，怎么才可以优化这个分子呀？我想不可能给分子加一个晶胞吧...

             先提这么多问题吧，希望有人能够耐心解决下哈，非常感谢...
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1楼 2011-01-06 21:43:02
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
没有人可以帮助一下吗

自己顶一下吧
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2楼2011-01-07 19:20:37
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
cg陈(金币+10):恩 谢谢 2011-01-07 20:19:45
gzqdyouxia(金币+2):谢谢提示 2011-01-07 20:25:40
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2011-01-06 21:43:02:
问题：1.  优化时用几何优化这个任务吗？
            
             2. 能量是几何优化后的out文件中的能量吗？还是接着优化过的构型算能量任务？

             3. 我用FIND在out文件找能量，发现有很多而且很多都是重复的能量，那么哪一个是我要的呢？有没有标识呀？

             4. 我用dmol3可以算分子的几何优化，可是castep就不可以了，怎么才可以优化这个分子呀？我想不可能给分子加一个晶胞吧

1. 是用几何优化。

2. 就在几何优化的out文件中找能量。

3.  Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 确实要加一个周期性格子才能算小分子。

具体可参见软件自带的Tutorials   Adsorption of CO onto a Pd(110) Surface
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3楼2011-01-07 19:46:01
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by niliu at 2011-01-07 19:46:01:


1. 是用几何优化。

2. 就在几何优化的out文件中找能量。

3.  Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 确实要加一个周期性格子才 ...

谢谢你的耐心解答

  我在问一下： 1.task中的energy 有什么用呢？ 不也是用来计算能量的嘛？
                     
                     2. 加一个周期性格子，难道是用build中的crystal,建立个晶胞吗
                         然后将分子放到里面？
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4楼2011-01-07 20:29:46
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niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
cg陈(金币+5):谢谢 2011-01-07 20:46:54
sunyang1988(金币+2):谢谢指点 2011-01-07 20:48:07
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2011-01-07 20:29:46:



  谢谢你的耐心解答

  我在问一下： 1.task中的energy 有什么用呢？ 不也是用来计算能量的嘛？
                     
                     2. 加一个周期性格子，难道是用build中的crystal,建立个晶 ...

1. task中的energy 失算能量，当不需要几何优化时就直接用它。如果你在几何优化后用它算一次能量也可以，不过与几何优化的最终能量是相同的。

2. 是的。
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5楼2011-01-07 20:42:49
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guolianshun

铜虫 (著名写手)
吸附是不是原子距离达到就自动成键啊？
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6楼2011-03-31 17:40:43
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leachmond

金虫 (著名写手)
★
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上面说的“然后将优化后的分子放到也已经优化的晶面的表面”，两者之间的距离一般设为多少合适？
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7楼2012-03-03 23:48:55
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nan1026feng

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by leachmond at 2012-03-03 23:48:55:
上面说的“然后将优化后的分子放到也已经优化的晶面的表面”，两者之间的距离一般设为多少合适？

这个距离不用管，它会自己优化的，只有刚好让分子和表面成键就可以了
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8楼2012-03-04 09:47:54
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匿名


★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖仅楼主可见
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9楼2013-11-14 21:41:52
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堇兮

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by nan1026feng at 2012-03-04 09:47:54
这个距离不用管，它会自己优化的，只有刚好让分子和表面成键就可以了...

你好，我想问1下，优化需要勾选optimize cell吗？
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10楼2017-04-01 18:30:36
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