应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】关于CASTEP吸附模拟求助
51/1返回列表
查看: 3187  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】关于CASTEP吸附模拟求助

如图所示  我想模拟个分子吸附到晶面表面的模型，以前一直用的是discover模块，最近看了一些文献，上面用到了castep模块算吸附，所以打算用这个模块来模拟我研究的体系吸附。
  吸附的方法：首先分别对分子和晶面进行优化，得到其能量Emole和Eslab

                      然后将优化后的分子放到也已经优化的晶面的表面，然后再进行优化，得到能量Etot
                      Eads = Etot  - Emole - Eslab

  问题：1.  优化时用几何优化这个任务吗？
            
             2. 能量是几何优化后的out文件中的能量吗？还是接着优化过的构型算能量任务？

             3. 我用FIND在out文件找能量，发现有很多而且很多都是重复的能量，那么哪一个是我要的呢？有没有标识呀？

             4. 我用dmol3可以算分子的几何优化，可是castep就不可以了，怎么才可以优化这个分子呀？我想不可能给分子加一个晶胞吧...

             先提这么多问题吧，希望有人能够耐心解决下哈，非常感谢...
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-01-06 21:43:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
cg陈(金币+10):恩 谢谢 2011-01-07 20:19:45
gzqdyouxia(金币+2):谢谢提示 2011-01-07 20:25:40
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2011-01-06 21:43:02:
问题：1.  优化时用几何优化这个任务吗？
            
             2. 能量是几何优化后的out文件中的能量吗？还是接着优化过的构型算能量任务？

             3. 我用FIND在out文件找能量，发现有很多而且很多都是重复的能量，那么哪一个是我要的呢？有没有标识呀？

             4. 我用dmol3可以算分子的几何优化，可是castep就不可以了，怎么才可以优化这个分子呀？我想不可能给分子加一个晶胞吧

1. 是用几何优化。

2. 就在几何优化的out文件中找能量。

3.  Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 确实要加一个周期性格子才能算小分子。

具体可参见软件自带的Tutorials   Adsorption of CO onto a Pd(110) Surface
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-01-07 19:46:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
没有人可以帮助一下吗

自己顶一下吧
赞一下 回复此楼
2楼2011-01-07 19:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by niliu at 2011-01-07 19:46:01:


1. 是用几何优化。

2. 就在几何优化的out文件中找能量。

3.  Press CTRL + F and search for Final Enthalpy. Note down the value that appears in that line.

4. 确实要加一个周期性格子才 ...

谢谢你的耐心解答

  我在问一下： 1.task中的energy 有什么用呢？ 不也是用来计算能量的嘛？
                     
                     2. 加一个周期性格子，难道是用build中的crystal,建立个晶胞吗
                         然后将分子放到里面？
赞一下 回复此楼
4楼2011-01-07 20:29:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niliu

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
cg陈(金币+5):谢谢 2011-01-07 20:46:54
sunyang1988(金币+2):谢谢指点 2011-01-07 20:48:07
引用回帖:
Originally posted by cg陈 at 2011-01-07 20:29:46:



  谢谢你的耐心解答

  我在问一下： 1.task中的energy 有什么用呢？ 不也是用来计算能量的嘛？
                     
                     2. 加一个周期性格子，难道是用build中的crystal,建立个晶 ...

1. task中的energy 失算能量，当不需要几何优化时就直接用它。如果你在几何优化后用它算一次能量也可以，不过与几何优化的最终能量是相同的。

2. 是的。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-01-07 20:42:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +6 Isak0320 2026-10-12 8/400 2026-10-12 20:09 by caixiaoye1
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭