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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】菜鸟 求助批量化合物转化为3D
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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山石岩

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】菜鸟 求助批量化合物转化为3D

求助




        我对设计不是很了解，现在想转化一批化合物为3D结构，大概有几万个化合物。这些化合物的格式都是sd的。

        开始用DS的Build 3D database .发现1000个化合物转化用了12个小时，崩溃了。 请教下大家：这么长时间正常吗？还是用错了模块或者软件？还有什么方法能比这个快一点？具体要怎么操作啊？
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1楼 2010-12-31 09:45:28
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yalefield

金虫 (文坛精英)
★
山石岩(金币+1): 2011-01-10 18:59:55
zh1987hs(金币+1):谢谢 2011-01-11 22:38:18
openbabel
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2楼2011-01-01 09:15:34
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
山石岩(金币+1): 2011-01-10 19:00:01
zh1987hs(金币+1):谢谢 2011-01-11 22:38:07
zh1987hs(金币+1):谢谢 2011-01-11 22:38:25
SYBYL的concord
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4楼2011-01-02 09:23:20
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houxuben

木虫 (正式写手)
★
山石岩(金币+1): 2011-01-10 19:01:34
zh1987hs(金币+1):谢谢 2011-01-11 22:37:55
同意楼上
SYBYL的concord转换8W个化合物也就是十来分钟
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5楼2011-01-02 23:21:26
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山石岩

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 山石岩 at 2010-12-31 09:45:28:
求助




        我对设计不是很了解，现在想转化一批化合物为3D结构，大概有几万个化合物。这些化合物的格式都是sd的。

        开始用DS的Build 3D database .发现1000个化合物转化用了12个小时，崩溃 ...

谢谢！
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6楼2011-01-10 18:59:45
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山石岩

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by CYXLP at 2011-01-01 09:40:51:

谢谢
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7楼2011-01-10 19:00:25
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山石岩

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2011-01-02 09:23:20:
SYBYL的concord

谢谢！
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8楼2011-01-10 19:01:22
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山石岩

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2011-01-02 23:21:26:
同意楼上
SYBYL的concord转换8W个化合物也就是十来分钟

谢谢
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9楼2011-01-10 19:01:44
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CYXLP3楼
2011-01-01 09:40   回复  
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