24小时热门版块排行榜    

查看: 611  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

charityqi

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】dmol中间产物 已有2人参与

用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charityqi

木虫 (小有名气)

我做的是催化反应,我使用ts search来进行过渡态搜索的,搜索得到的outmol文件中显示搜索得到中间产物intermediate的
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-12-29 21:25:07:

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧? ...

3楼2011-01-07 22:31:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

lishufei

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ellsaking(金币+3):谢谢交流 2010-12-29 22:58:25
引用回帖:
Originally posted by charityqi at 2010-12-29 15:08:35:
用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧?你如果直接进行ts-con找到的不都是中间体吗?你怎么能肯定中间体中能量最高的就是过渡态啊?过渡态的要求1:有而且只有一个虚频2过渡态连接着反应物和生成物。共同讨论一下,我也现在在这个问题上很犯愁。常常ts-search出现很多虚频,只有一个虚频时又不是连接反应物和生成物,纠结啊。你做的是有机还是固体表面小分子啊?

[ Last edited by lishufei on 2010-12-29 at 21:36 ]
2楼2010-12-29 21:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +3 布布和一二 2026-08-10 3/150 2026-08-10 13:00 by smlz521
[基金申请] 国自然结果 +3 Vierhys 2026-08-10 5/250 2026-08-10 12:53 by lliang1209
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +10 archvillain 2026-08-04 12/600 2026-08-10 12:45 by yudaoqian88
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +9 yufeiwaner 2026-08-09 9/450 2026-08-10 12:25 by 流流伤
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
信息提示
请填处理意见