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charityqi

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】dmol中间产物 已有2人参与

用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物
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charityqi

木虫 (小有名气)

我做的是催化反应,我使用ts search来进行过渡态搜索的,搜索得到的outmol文件中显示搜索得到中间产物intermediate的
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-12-29 21:25:07:

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧? ...

3楼2011-01-07 22:31:53
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lishufei

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ellsaking(金币+3):谢谢交流 2010-12-29 22:58:25
引用回帖:
Originally posted by charityqi at 2010-12-29 15:08:35:
用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧?你如果直接进行ts-con找到的不都是中间体吗?你怎么能肯定中间体中能量最高的就是过渡态啊?过渡态的要求1:有而且只有一个虚频2过渡态连接着反应物和生成物。共同讨论一下,我也现在在这个问题上很犯愁。常常ts-search出现很多虚频,只有一个虚频时又不是连接反应物和生成物,纠结啊。你做的是有机还是固体表面小分子啊?

[ Last edited by lishufei on 2010-12-29 at 21:36 ]
2楼2010-12-29 21:25:07
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