24小时热门版块排行榜    

查看: 613  |  回复: 2

charityqi

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】dmol中间产物 已有2人参与

用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lishufei

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ellsaking(金币+3):谢谢交流 2010-12-29 22:58:25
引用回帖:
Originally posted by charityqi at 2010-12-29 15:08:35:
用DMOL 搜索过渡态,最大步骤是20步,搜索会得到中间产物,这个中间产物可靠吗?因为在这一步搜索得到xtd的基础上在进行搜索还会得到另一个中间产物

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧?你如果直接进行ts-con找到的不都是中间体吗?你怎么能肯定中间体中能量最高的就是过渡态啊?过渡态的要求1:有而且只有一个虚频2过渡态连接着反应物和生成物。共同讨论一下,我也现在在这个问题上很犯愁。常常ts-search出现很多虚频,只有一个虚频时又不是连接反应物和生成物,纠结啊。你做的是有机还是固体表面小分子啊?

[ Last edited by lishufei on 2010-12-29 at 21:36 ]
2楼2010-12-29 21:25:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charityqi

木虫 (小有名气)

我做的是催化反应,我使用ts search来进行过渡态搜索的,搜索得到的outmol文件中显示搜索得到中间产物intermediate的
引用回帖:
Originally posted by lishufei at 2010-12-29 21:25:07:

你是不是直接在TSConfirmation.xtd中找到距离反应物和生成物能量最近的最低点作为新的反应物和生成物在进行ts-search,得到的结果在计算ts-opt和频率看是否是一个虚频啊?dmol中ts-con不是用来确定过渡态的吧? ...

3楼2011-01-07 22:31:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 charityqi 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +23 医学老男孩 2026-08-13 49/2450 2026-08-14 20:02 by zhaifei
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[基金申请] filecode +6 cratir 2026-08-14 10/500 2026-08-14 18:29 by 笑叹辞穷
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 12/600 2026-08-13 23:20 by iwuli
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
信息提示
请填处理意见