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liuliang_045

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】为什么RCSB里面查询一个蛋白的结构会有很多有个呢? 已有3人参与

如题,这个序列不是唯一的吗?
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liuliang_045

木虫 (正式写手)

结构看起来都是一样的
4楼2010-12-28 08:57:32
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lightme36

银虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+3):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-12-27 23:22:51
你说的是PDB库吗?因为有不同的课题组做的蛋白,而且往往不同课题组可能得到了很好活性的化合物,想看看他们之间的结合模式,都会做一个蛋白结构出来,所以一个蛋白有很多结构是很正常的。往往由于契导诱合的存在,在活性口袋部位的残基位置会略有不同的。
2楼2010-12-27 22:15:29
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liuliang_045

木虫 (正式写手)

我是查的PDB库呢,我看有两个很接近,就是氨基酸数目不一样,那这样子的话,我是不是参考哪一个都可以呢?或者说两者的差别不算是太大呢?
3楼2010-12-28 08:57:17
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lightme36

银虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by liuliang_045 at 2010-12-28 08:57:17:
我是查的PDB库呢,我看有两个很接近,就是氨基酸数目不一样,那这样子的话,我是不是参考哪一个都可以呢?或者说两者的差别不算是太大呢?

氨基酸数目不一样的大吗?你需要的domain处的氨基酸差别大吗?不同的组解晶体的时候,有的loop会缺失氨基酸残基的。
参考那个还是要看实际情况,你需要的部分解得好不好,还有就是分辨率啊什么的,就是晶体学上的一些指标,还有就是一般越新的结构会越好一点。还是要看具体的问题,自己多分析一下
5楼2010-12-28 09:31:03
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