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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】为什么RCSB里面查询一个蛋白的结构会有很多有个呢？
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liuliang_045

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】为什么RCSB里面查询一个蛋白的结构会有很多有个呢？已有3人参与

如题，这个序列不是唯一的吗？
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1楼2010-12-27 18:46:21
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lightme36

银虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
scelab(金币+3):热心虫友，欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-12-27 23:22:51
你说的是PDB库吗？因为有不同的课题组做的蛋白，而且往往不同课题组可能得到了很好活性的化合物，想看看他们之间的结合模式，都会做一个蛋白结构出来，所以一个蛋白有很多结构是很正常的。往往由于契导诱合的存在，在活性口袋部位的残基位置会略有不同的。
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2楼2010-12-27 22:15:29
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liuliang_045

木虫 (正式写手)
我是查的PDB库呢，我看有两个很接近，就是氨基酸数目不一样，那这样子的话，我是不是参考哪一个都可以呢？或者说两者的差别不算是太大呢？
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3楼2010-12-28 08:57:17
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liuliang_045

木虫 (正式写手)
结构看起来都是一样的
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4楼2010-12-28 08:57:32
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lightme36

银虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by liuliang_045 at 2010-12-28 08:57:17:
我是查的PDB库呢，我看有两个很接近，就是氨基酸数目不一样，那这样子的话，我是不是参考哪一个都可以呢？或者说两者的差别不算是太大呢？

氨基酸数目不一样的大吗？你需要的domain处的氨基酸差别大吗？不同的组解晶体的时候，有的loop会缺失氨基酸残基的。
参考那个还是要看实际情况，你需要的部分解得好不好，还有就是分辨率啊什么的，就是晶体学上的一些指标，还有就是一般越新的结构会越好一点。还是要看具体的问题，自己多分析一下
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5楼2010-12-28 09:31:03
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liuliang_045

木虫 (正式写手)
这样子啊，谢谢啦，我自己多试试
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6楼2010-12-28 10:31:02
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
一个蛋白有很多结构很正常啊 。不影响的。
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7楼2010-12-28 11:15:27
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