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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock 对接时间问题
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03

[交流] 【讨论】autodock 对接时间问题 已有2人参与

请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodock做虚拟筛选的虫友吗？帮忙考察下这个配置的可行性。。。Intel 5600,80刀的服务器，不胜感谢！
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1楼 2010-12-24 18:43:32
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-12-26 15:58:27:

这个是AD官网上就有的，我不用虚拟筛选，主要做几种化合物的精细对接，要求的是精度，呵呵

AD精度确实不错，我试了很多软件，redock也就AD的RMSD能到2。其次就是gold mvd啦
又郁闷了，install 出错。。。。说什么autogride size error。。。。算了，弄点其他软件使使吧
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11楼2010-12-26 23:19:06
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
自己顶一下。。。。。人气惨淡。。。
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2楼2010-12-24 23:02:27
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houxuben

木虫 (正式写手)

MEDCHEM03
无语了。。。。难道没有做过的？算了，还是用gold和MVD吧
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3楼2010-12-25 08:52:17
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by houxuben at 2010-12-24 18:43:32:
请教个问题，大家做autodock时，对接一次一般用多久？

我做了几个蛋白靶点的dock，发现好慢啊，在（ubuntu10.0;双核2.0Hz）电脑上一般得2~3个小时。。。。不知道是跟机器有关还是本身就这样？
另外有用autodo ...

ubuntu10.04,I3, 286个残基的蛋白，grid间距默认值，配体三个柔性键，30min
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4楼2010-12-25 10:09:38
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