应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp错误，求助
201/1返回列表
查看: 2092  |  回复: 19
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

qian8505

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp错误，求助

running on   12 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   12 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  3 types and  130 ions

-----------------------------------------------------------------------------
|                                                                             |
|  ADVICE TO THIS USER RUNNING 'VASP/VAMP'   (HEAR YOUR MASTER'S VOICE ...):  |
|                                                                             |
|      You have a (more or less) 'large supercell' and for larger cells       |
|      it might be more efficient to use real space projection operators      |
|      So try LREAL= Auto  in the INCAR   file.                               |
|      Mind: If you want to do a very accurate calculations keep the          |
|      reciprocal projection scheme          (i.e. LREAL=.FALSE.)             |
|                                                                             |
-----------------------------------------------------------------------------

LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           3 )
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
rank 11 in job 1  node03_42507   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 11: killed by signal 11
rank 8 in job 1  node03_42507   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 8: killed by signal 11
rank 5 in job 1  node03_42507   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 5: killed by signal 11
rank 2 in job 1  node03_42507   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: killed by signal 11



提交任务失败，请大家帮忙看看什么原因
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2010-12-21 12:31:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
bingmou(金币+1):感谢提示 2010-12-21 14:22:15
qian8505(金币+1): 2010-12-21 14:47:10
检查一下INCAR设置。

检查一下KPOINTS文件

检查一下POSCAR文件。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-12-21 12:40:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
谢谢，我查看一下，呵呵
赞一下 回复此楼
3楼2010-12-21 14:46:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
都检查过了，不是那些文件的问题好像
赞一下 回复此楼
4楼2010-12-21 14:50:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
以下是INCAR文件
SYSTEM = liCoSb
ENCUT = 320
ISMEAR = 1; SIGMA = 0.02
NSW = 100
IBRION = 2
ISIF = 3
EDIFF = 1E-4
PREC = Accurate
ISTART = 0 ; ICHARG=2
LWAVE   = .FALSE.
LCHARG  = .FALSE.
NSIM=6
NPAR=1
PSTRESS = 40
赞一下 回复此楼
5楼2010-12-21 14:51:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
ellsaking(金币+1):感谢回帖交流~ 2010-12-21 15:56:28
ellsaking(金币+1):感谢回帖交流~ 2010-12-21 15:56:37
需要加一行
LREAL = Auto

#PREC = high

这样行不？

SIGMA=0.1行不？0.02对于结构优化不需要呢。反而降低收敛速度。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-12-21 15:16:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
gzqdyouxia(金币+1):谢谢提示 2010-12-21 16:02:17
总体说来，12个节点上跑high精度的130个原子DFT结构优化，是比较悬。FFT网格密度太大。

[ Last edited by cenwanglai on 2010-12-21 at 15:27 ]
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-12-21 15:18:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
★
ellsaking(金币+1):感谢指导~ 2010-12-21 15:56:17
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-21 15:18:51:
总体说来，12个节点上跑high精度的130个原子DFT结构优化，是比较悬。网格密度太大。

k网格只有一个G点， 我给你发了站内信，有那三个文件的详细信息
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-12-21 15:23:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-21 15:16:31:
需要加一行
LREAL = Auto

#PREC = high

这样行不？

SIGMA=0.1行不？0.02对于结构优化不需要呢。反而降低收敛速度。

照楼主说的，已经改成在实空间的计算了，还是不行啊
赞一下 回复此楼
9楼2010-12-21 16:26:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huangguiyang

新虫 (小有名气)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-12-22 07:58:41
qian8505(金币+1): 2010-12-22 09:27:38
这个最大可能性是，POSCAR文件有问题。应该不是参数的问题。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2010-12-22 05:53:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
qian8505(金币+1): 2010-12-22 09:27:57
qian8505(金币+1): 2010-12-22 09:28:44
还有可能是因为读取波函数失败所致
赞一下 回复此楼
11楼2010-12-22 08:25:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2010-12-22 08:25:50:
还有可能是因为读取波函数失败所致

那要如何解决呢
回复此楼
12楼2010-12-22 09:28:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ustbwgs

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-12-21 15:16:31:
需要加一行
LREAL = Auto

#PREC = high

这样行不？

SIGMA=0.1行不？0.02对于结构优化不需要呢。反而降低收敛速度。

同一材料，优化和单点能所需的SIGMA还不一样啊，应该怎么取呢
赞一下 回复此楼
13楼2010-12-22 10:14:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-12-22 12:00:58
引用回帖:
Originally posted by ustbwgs at 2010-12-22 10:14:01:

同一材料，优化和单点能所需的SIGMA还不一样啊，应该怎么取呢

稍显要保证收敛。这样SIGMA不能太小。

另外要降低EETRO（熵）。

结构优化和单点能计算的SIGMA应该可以不一样的。这只是我自己的想法。
赞一下(1人) 回复此楼
14楼2010-12-22 10:43:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
zhang668(金币+2):多谢指教 2010-12-23 18:58:38
最可能的问题，是你的体系过大，在12节点上运行导致内存不够。尝试用更多的节点试试，或者降低计算量（比如使用单个k点，即Gamma点）看能不能运行起来。
赞一下(1人) 回复此楼
15楼2010-12-23 18:56:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang668

木虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-12-23 19:56:21
这个一般是服务器的问题。内存不足可能是一个原因
赞一下(1人) 回复此楼
16楼2010-12-23 18:59:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问这个问题后来解决了吗？是如何解决的啊？谢谢啊
赞一下(1人) 回复此楼
17楼2012-01-08 12:51:07
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qian8505

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by 04nylxb at 2012-01-08 12:51:07:
请问这个问题后来解决了吗？是如何解决的啊？谢谢啊

算是解决了吧，是NSIM，和NPAR没有设置好的原因
赞一下 回复此楼
18楼2012-01-11 16:55:39
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

04nylxb

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
18楼: Originally posted by qian8505 at 2012-01-11 16:55:39:
算是解决了吧，是NSIM，和NPAR没有设置好的原因

收到，谢谢啊。
我现在也遇到这样的问题。
那NIS和NPAR该如何设子呢？如果我用32个核的话 Centos5.4 64位的。
赞一下(1人) 回复此楼
19楼2012-01-13 11:50:55
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wenchenai

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
liliangfang(金币+1): 鼓励交流 2012-01-13 13:12:16
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2012-01-13 18:47:53
这是并行的问题，去掉NPAR=1，或做个测试NPAR=cup 个数！
赞一下(3人) 回复此楼
20楼2012-01-13 12:28:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qian8505 的主题更新
201/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭