24小时热门版块排行榜    

查看: 938  |  回复: 7

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dlpoly算CO2 已有4人参与

现在用dlpoly算CO2,我用类似水的模型,不过角度为180.类似水的sample里Constrain C-O,C-O,O-O。出现error105:shake algorithm failed to converage。
请问怎么解决?或者谁有更好的模型。
field文件如下:
UNITS K
MOLECULES        1
CO2
NUMMOLS      4000
ATOMS       3
C         12.01115     0.5888
O1        15.9994     -0.2944
O1        15.9994     -0.2944
CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
FINISH
VDW       3
O1      O1      lj  82.656   3.000  
C       C       lj  28.845   2.7918
C       O1      lj  48.8284  2.8959
close
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我是胖人,不是粗人
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-17 19:53:34
由于你键长键角都固定了,可以使用rigid body,不需要使用constraint。具体设置可以查看说明书。
出现error 105,一般是时间步长设置太大了,可以减小时间步试试。
2楼2010-12-17 16:50:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

改小了试算,还是有问题,我感觉是CO2力场模型的问题。O-O键该怎么考虑?
我是胖人,不是粗人
3楼2010-12-18 09:39:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-18 20:34:52
限制O-O 键的目的是为了固定O-C-O键


CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
换成
rigid 1
3 1 2 3
试试
不解释,含义自己看说明书

[ Last edited by 043114076 on 2010-12-18 at 15:18 ]
4楼2010-12-18 15:16:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

谢谢!
我现在用angle固定O-O180度。CONSTRAINT C-O键,已经算了一半了...
我先看看结果吧~
我是胖人,不是粗人
5楼2010-12-19 10:35:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴|一只蘑菇

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:46:34
据developer说,CO2没法做rigid的constraint 因为是linear。。。设置constraint的时候总会出问题。。。我明天再去确认一下。。。。
由于诡异的原因msn偶尔上不去,由于众所周知的原因qq基本不登陆,私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
6楼2011-02-04 06:01:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

这确实是个问题,我用angle算的误差太大,rigid算的时间长的令人无法接受。
我是胖人,不是粗人
7楼2011-02-04 07:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saphy

银虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 22:31:44
如果使用CONSTRAINTS的话,最好先跑一个仅含本体CO2的MD模拟来优化一下CO2的结构
将优化后的CO2分子插入到材料跑MD时,就不会再出shake的错误
8楼2011-04-19 21:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 paladinlee 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
信息提示
请填处理意见