24小时热门版块排行榜    

查看: 1166  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dlpoly算CO2 已有4人参与

现在用dlpoly算CO2,我用类似水的模型,不过角度为180.类似水的sample里Constrain C-O,C-O,O-O。出现error105:shake algorithm failed to converage。
请问怎么解决?或者谁有更好的模型。
field文件如下:
UNITS K
MOLECULES        1
CO2
NUMMOLS      4000
ATOMS       3
C         12.01115     0.5888
O1        15.9994     -0.2944
O1        15.9994     -0.2944
CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
FINISH
VDW       3
O1      O1      lj  82.656   3.000  
C       C       lj  28.845   2.7918
C       O1      lj  48.8284  2.8959
close
回复此楼
我是胖人,不是粗人
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

saphy

银虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 22:31:44
如果使用CONSTRAINTS的话,最好先跑一个仅含本体CO2的MD模拟来优化一下CO2的结构
将优化后的CO2分子插入到材料跑MD时,就不会再出shake的错误
8楼2011-04-19 21:03:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-17 19:53:34
由于你键长键角都固定了,可以使用rigid body,不需要使用constraint。具体设置可以查看说明书。
出现error 105,一般是时间步长设置太大了,可以减小时间步试试。
2楼2010-12-17 16:50:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

改小了试算,还是有问题,我感觉是CO2力场模型的问题。O-O键该怎么考虑?
我是胖人,不是粗人
3楼2010-12-18 09:39:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-18 20:34:52
限制O-O 键的目的是为了固定O-C-O键


CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
换成
rigid 1
3 1 2 3
试试
不解释,含义自己看说明书

[ Last edited by 043114076 on 2010-12-18 at 15:18 ]
4楼2010-12-18 15:16:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 5/250 2026-08-23 12:09 by LR9qGULyN2ew
[基金申请] 什么时候开奖? +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 5/250 2026-08-23 04:07 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:43 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
请填处理意见