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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】dlpoly算CO2
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dlpoly算CO2 已有4人参与

现在用dlpoly算CO2，我用类似水的模型，不过角度为180.类似水的sample里Constrain C-O，C-O，O-O。出现error105：shake algorithm failed to converage。
请问怎么解决？或者谁有更好的模型。
field文件如下：
UNITS K
MOLECULES        1
CO2
NUMMOLS      4000
ATOMS       3
C         12.01115     0.5888
O1        15.9994     -0.2944
O1        15.9994     -0.2944
CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
FINISH
VDW       3
O1      O1      lj  82.656   3.000  
C       C       lj  28.845   2.7918
C       O1      lj  48.8284  2.8959
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我是胖人，不是粗人
1楼 2010-12-17 14:49:55
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-17 19:53:34
由于你键长键角都固定了，可以使用rigid body，不需要使用constraint。具体设置可以查看说明书。
出现error 105，一般是时间步长设置太大了，可以减小时间步试试。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-12-17 16:50:02
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
改小了试算，还是有问题，我感觉是CO2力场模型的问题。O-O键该怎么考虑？
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我是胖人，不是粗人
3楼2010-12-18 09:39:43
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-18 20:34:52
限制O-O 键的目的是为了固定O-C-O键

把
CONSTRAINTS  3
1       2       1.163
1       3       1.163
2       3       2.326
换成
rigid 1
3 1 2 3
试试
不解释，含义自己看说明书

[ Last edited by 043114076 on 2010-12-18 at 15:18 ]
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-12-18 15:16:33
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
谢谢！
我现在用angle固定O-O180度。CONSTRAINT C-O键，已经算了一半了...
我先看看结果吧~
赞一下 回复此楼
我是胖人，不是粗人
5楼2010-12-19 10:35:37
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meixinqing

金虫 (著名写手)

梅心晴｜一只蘑菇
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-05 20:46:34
据developer说，CO2没法做rigid的constraint 因为是linear。。。设置constraint的时候总会出问题。。。我明天再去确认一下。。。。
赞一下(2人) 回复此楼
由于诡异的原因msn偶尔上不去，由于众所周知的原因qq基本不登陆，私聊的pmgmail地址加gtalk/*emuch是个很好很和谐的论坛*/
6楼2011-02-04 06:01:26
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paladinlee

铁杆木虫 (正式写手)
这确实是个问题，我用angle算的误差太大，rigid算的时间长的令人无法接受。
赞一下 回复此楼
我是胖人，不是粗人
7楼2011-02-04 07:38:31
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saphy

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-19 22:31:44
如果使用CONSTRAINTS的话，最好先跑一个仅含本体CO2的MD模拟来优化一下CO2的结构
将优化后的CO2分子插入到材料跑MD时，就不会再出shake的错误
赞一下(2人) 回复此楼
8楼2011-04-19 21:03:45
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