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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】纳米管问题
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wanfei

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】纳米管问题

各位高手：
我现在在算药物分子与纳米管相互作用，纳米管算的时候用的是超晶包，药物-纳米管复合物也是超晶包，那么单独的药物分子计算时也需要把药物分子放在超晶包中计算吗？我看文献上算气体分子在纳米材料上吸附时，纳米管，纳米管-气体分子复合物都是放在晶包里算的，可是单独的气体分子没有放在晶包中。那么到底需不需要放啊？因为如果不放它就是非周期的，而其它的建了晶包的是周期性的啊。希望高手指点下，谢谢！
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1楼 2010-11-16 17:50:47
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-11-17 08:24:09
wanfei(金币+1): 2010-11-17 17:42:24
还是需要的吧，不然你怎么比较能量呢？
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2楼2010-11-16 23:14:16
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wanfei

金虫 (小有名气)
可是许多人说小分子不需要放晶包算啊，我都弄不清楚了
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3楼2010-11-17 17:42:10
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢回复 2010-11-17 23:17:43
wanfei(金币+1): 2010-11-18 09:56:04
用VASP算得的话必须是周期性结构，你用什么软件算呢
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4楼2010-11-17 23:02:27
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zsjan

金虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1):谢谢交流 2010-11-17 23:17:33
可以取足够大的晶胞，从而避免了镜像的相互作用！
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5楼2010-11-17 23:05:25
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wanfei

金虫 (小有名气)
我是用Dmol算的，需要放在晶包里面吗？要是需要晶包就用和纳米管晶包一样大小的就可以了吧
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6楼2010-11-18 09:57:35
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
youzhizhe(金币+2):谢谢交流。 2010-11-18 11:17:15
zzy870720z(金币+2):谢谢交流 2010-11-18 11:59:14
wanfei(金币+1):谢谢 2010-11-18 17:55:26
引用回帖:
Originally posted by wanfei at 2010-11-18 09:57:35:
我是用Dmol算的，需要放在晶包里面吗？要是需要晶包就用和纳米管晶包一样大小的就可以了吧

我也是做CTN的。
看样子你是想先把结合起来的E算出来，再把单独的算出来，然后相减来算它们的结合能吧，这样的话，你在计算单独（也就是分开的时候单个的）能量时，各自考虑各自的。晶胞的大小与碳纳米管的大小无关，你现在是要算单独的一个分子具有的能量，只要你取的晶胞大点，保证计算出来的能量是单个分子的就行（晶胞选得大点，保证周期性的情况下，其它相邻的分子与你算的分子没有相互作用）了。
正常来说的话，选取碳纳米管大小也足够了，因为CNT晶胞的大小我们也是测试出来的。可以保证超晶胞中相邻两个分子之间没有相互作用。
我用的是VASP，因为在VASP里计算能量必须用周期性结构，计算单个分子也只能通过空位层来解决。我不太了解你用的软件，如果DMOL软件计算能量也是用周期结构的话就是我上面说得，如果可以计算单个分子的能量就请高师们指点一下吧。
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7楼2010-11-18 11:11:50
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