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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【讨论】towhee 运算极其的慢
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043114076

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】towhee 运算极其的慢 已有3人参与

使用towhee进行了离子液体NVT模拟，体系有6000多个原子，发现运行速度特别的慢。查看了所有原因，最后认为是towhee 没有使用 neighbor list，每一步都要从新计算能量。
在towhee的论坛里有人在2004年建议加入neighbor list，给出的回复是正在加入（is being implemented），其中有人说使用neighbor list可能会导致list 更新过于频繁反而是模拟变得更慢，这也是有可能的。
查看了ghcacj版主写的Music教程，发现Music使用了map方法，极大的加速了模拟过程。现在决定放弃towhee 尝试music。
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1楼 2010-11-16 16:43:44
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
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可是Music的NVT MC不如Towhee的说
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2楼2010-11-16 16:46:02
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-16 16:46:02:
可是Music的NVT MC不如Towhee的说

谢谢版主
其实我的主要目的还是使用GCMC，NVT的话直接使用md就行了
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3楼2010-11-16 17:05:51
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 043114076 at 2010-11-16 16:43:44:
使用towhee进行了离子液体NVT模拟，体系有6000多个原子，发现运行速度特别的慢。查看了所有原因，最后认为是towhee 没有使用 neighbor list，每一步都要从新计算能量。
在towhee的论坛里有人在2004年建议加入nei ...

你的 towhee建模是怎么建的？
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好好学习，天天向上。
4楼2010-11-16 20:27:37
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043114076

木虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-17 13:01:58
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Originally posted by zyj8119 at 2010-11-16 20:27:37:

你的 towhee建模是怎么建的？

液体的话是使用packmol 随机插入盒子中，然后使用md程序优化驰豫后，转化为xyz文件，再由xyz文件转化为towhee_coords
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5楼2010-11-17 08:26:41
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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Originally posted by 043114076 at 2010-11-17 08:26:41:



液体的话是使用packmol 随机插入盒子中，然后使用md程序优化驰豫后，转化为xyz文件，再由xyz文件转化为towhee_coords

这个转化过程，得写个小的转化程序吧？FORTRAN?C++?
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好好学习，天天向上。
6楼2010-11-17 09:41:31
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-17 09:41:31:

这个转化过程，得写个小的转化程序吧？FORTRAN?C++?

版主明鉴！
是用fortran 写的，towhee_coords 和xyz 格式很接近，几行程序就可以完成。
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7楼2010-11-17 11:05:14
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-11-17 13:02:10
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-11-17 11:05:14:



版主明鉴！
是用fortran 写的，towhee_coords 和xyz 格式很接近，几行程序就可以完成。

是的，packmol貌似也可以生成DLPOLY和LAMMPS等软件格式的输入文件。。。
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好好学习，天天向上。
8楼2010-11-17 11:28:55
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
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不知道LZ是否可以写个例子便于大家入门学习呢？
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9楼2010-11-17 13:02:53
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-17 13:02:53:
不知道LZ是否可以写个例子便于大家入门学习呢？

谢谢版主鼓励，只是我目前也还没有完全搞清楚，写错了可能会误导大家
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10楼2010-11-18 10:19:45
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