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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【讨论】towhee 运算极其的慢
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043114076

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】towhee 运算极其的慢 已有3人参与

使用towhee进行了离子液体NVT模拟，体系有6000多个原子，发现运行速度特别的慢。查看了所有原因，最后认为是towhee 没有使用 neighbor list，每一步都要从新计算能量。
在towhee的论坛里有人在2004年建议加入neighbor list，给出的回复是正在加入（is being implemented），其中有人说使用neighbor list可能会导致list 更新过于频繁反而是模拟变得更慢，这也是有可能的。
查看了ghcacj版主写的Music教程，发现Music使用了map方法，极大的加速了模拟过程。现在决定放弃towhee 尝试music。
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1楼 2010-11-16 16:43:44
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043114076

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-16 16:46:02:
可是Music的NVT MC不如Towhee的说

谢谢版主
其实我的主要目的还是使用GCMC，NVT的话直接使用md就行了
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3楼2010-11-16 17:05:51
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
可是Music的NVT MC不如Towhee的说
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2楼2010-11-16 16:46:02
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 043114076 at 2010-11-16 16:43:44:
使用towhee进行了离子液体NVT模拟，体系有6000多个原子，发现运行速度特别的慢。查看了所有原因，最后认为是towhee 没有使用 neighbor list，每一步都要从新计算能量。
在towhee的论坛里有人在2004年建议加入nei ...

你的 towhee建模是怎么建的？
赞一下(1人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
4楼2010-11-16 20:27:37
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043114076

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-17 13:01:58
引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-11-16 20:27:37:

你的 towhee建模是怎么建的？

液体的话是使用packmol 随机插入盒子中，然后使用md程序优化驰豫后，转化为xyz文件，再由xyz文件转化为towhee_coords
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-11-17 08:26:41
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