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043114076木虫 (正式写手)
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【讨论】towhee 运算极其的慢 已有3人参与
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使用towhee进行了离子液体NVT模拟，体系有6000多个原子，发现运行速度特别的慢。查看了所有原因，最后认为是towhee 没有使用 neighbor list，每一步都要从新计算能量。 在towhee的论坛里有人在2004年建议加入neighbor list，给出的回复是正在加入（is being implemented），其中有人说使用neighbor list可能会导致list 更新过于频繁反而是模拟变得更慢，这也是有可能的。 查看了ghcacj版主写的Music教程，发现Music使用了map方法，极大的加速了模拟过程。现在决定放弃towhee 尝试music。 |
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4楼2010-11-16 20:27:37
ghcacj
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3楼2010-11-16 17:05:51
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5楼2010-11-17 08:26:41