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jasonchong

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】如何菌类鉴定 已有4人参与

我们从老鼠内脏提取到细菌,我们要鉴定是什么细菌要做些什么过程呢?我是新人也查了些文献,这菌是好氧的,杆菌,革兰氏染为红色,我们提取到的菌可能是混合菌,要进行纯化(怎么纯化比较好),测定16sRNA,设计引物(不知道序列怎么设计啊?依据其他文献的引物可以吗?),谢谢各位,如果要知道的可以讨论或者赐教,我刚触及这方面的知识不是太了解,虽然自己也有看文献,希望有经验的各位能给我点帮助,谢谢
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j2

木虫 (正式写手)

★ ★
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dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-11-12 15:27:07
测定16srDNA,用通用引物就是了,随便你用哪一对都可以。
要纯化的话,将平板上各种样子的单个菌落再划平板,起码要在平板上是一种样子,镜下也只有一种样子。你怀疑是什么菌可以用那种菌的选择性平板。分离纯菌后做生化鉴定就是了。不一定非要16s不可。
修炼ing,当虫仙……
2楼2010-11-12 14:04:23
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fangcaiyuan

金虫 (正式写手)

★ ★
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dhd997(金币+1):鼓励交流 2010-11-12 15:27:14
纯化最好的方法是划线分离,将你分离得到菌在平板上划线,尽量划得很开,是不是一种菌就一目了然了,你以后的操作就是挑取纯培养的菌落提取16SrDNA之后测序,细菌有通用的16SrDNA引物,上网搜细菌通用引物估计就能搜到了,之后测序的结果到ncbi进行比对或构建进化树就好了
3楼2010-11-12 14:04:49
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gao-feng

铁杆木虫 (著名写手)

疯子


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先做形态学的观察,再做生理生化实验,最后测16SrDNA序列,比对数据库。
开开心心做科研,踏踏实实做好人。
4楼2010-11-12 14:50:39
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jasonchong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by j2 at 2010-11-12 14:04:23:
测定16srDNA,用通用引物就是了,随便你用哪一对都可以。
要纯化的话,将平板上各种样子的单个菌落再划平板,起码要在平板上是一种样子,镜下也只有一种样子。你怀疑是什么菌可以用那种菌的选择性平板。分离纯菌 ...

对16s进行PCR后,要进行转化之类的,有具体点的步骤吗?我好好学习下,文献上对这个不是很详细,谢谢
5楼2010-11-12 18:17:25
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jasonchong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by fangcaiyuan at 2010-11-12 14:04:49:
纯化最好的方法是划线分离,将你分离得到菌在平板上划线,尽量划得很开,是不是一种菌就一目了然了,你以后的操作就是挑取纯培养的菌落提取16SrDNA之后测序,细菌有通用的16SrDNA引物,上网搜细菌通用引物估计就能 ...

对16s进行PCR后,要进行转化之类的,有具体点的步骤吗?我好好学习下,文献上对这个不是很详细,谢谢
6楼2010-11-12 18:17:36
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j2

木虫 (正式写手)


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可以直接拿PCR产物测序的,不用非要转化不可
修炼ing,当虫仙……
7楼2010-11-12 18:20:12
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jasonchong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by j2 at 2010-11-12 18:20:12:
可以直接拿PCR产物测序的,不用非要转化不可

我们设计引物让公司给合成,拿回来自己再PCR的,听说转化是全序列,不转化是测部分序列,是这样吗?望赐教
8楼2010-11-12 18:29:57
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j2

木虫 (正式写手)

★ ★
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silicare(金币+1):一般600-900 2010-11-13 11:46:24
一般测序是测前800,你让他给你通测吧
修炼ing,当虫仙……
9楼2010-11-13 10:46:13
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jasonchong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by j2 at 2010-11-13 10:46:13:
一般测序是测前800,你让他给你通测吧

那以后paper还怎么写啊
10楼2010-11-13 18:19:55
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