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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 文献解析 » 【交流】有关氢键的，请指正
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hujingchun

金虫 (小有名气)

[交流] 【交流】有关氢键的，请指正

在 .lst 中
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H          H...A        D...A        <(DHA)

** No suitable H-bond found for N3...N5 = 7.185(4) A **
  0.86         1.96         2.807(3)     166.3        N3-H3A...N8_$1
  0.86         1.99         2.731(3)     144.3        N5-H5A...O1_$2


Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N3-H3A         0.860    1.963   166.30    2.807    N8 [ x, y+1, z ]

N5-H5A         0.860    1.986   144.29    2.731    O1 [ -x, -y, -z ]

在 .cif 中是这样的

loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
'x, y, z'
'-x, -y, -z'

loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
N3 H3A N8  0.86 1.96 2.807(3) 166.3 1_565
N5 H5A O1  0.86 1.99 2.731(3) 144.3 2

请问虫友们，这两个文件里表达的氢键是一个意思吗？
我准备投 ACTA-e的，
谢谢指教
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1楼 2010-11-11 20:45:36
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
hujingchun(金币+5):xiexie 2010-11-13 15:59:34
引用回帖:
Originally posted by hujingchun at 2010-11-11 21:49:33:

我要是将命令 HTAB 换成 HTAB  3.500，就会多出一个氢键，距离是 3.9 ，角度是 114 ，想这个氢键还需要加上吗？谢谢

3.9太大了，114太接近90度，否定。
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5楼2010-11-12 09:12:55
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帝夫

至尊木虫 (知名作家)
hujingchun(金币+5):谢谢 2010-11-11 21:36:08
在ins中加入ACTA命令产生cif文件的过程与lst的纪录是同步的。当然是相同的~~
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2楼2010-11-11 21:27:12
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hujingchun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 帝夫 at 2010-11-11 21:27:12:
在ins中加入ACTA命令产生cif文件的过程与lst的纪录是同步的。当然是相同的~~

我要是将命令 HTAB 换成 HTAB  3.500，就会多出一个氢键，距离是 3.9 ，角度是 114 ，想这个氢键还需要加上吗？谢谢
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3楼2010-11-11 21:49:33
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yangping

木虫 (正式写手)
hujingchun(金币+5):xiexie 2010-11-13 15:59:14
距离偏大，角度偏小，不算氢键。
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4楼2010-11-12 08:54:44
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