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zxg200910

银虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】结构优化-急需解决的问题

Sample Text
各位，大家好！
我学习高斯时间很短，现在有些问题想请教一下：
1.在高斯进行结构优化和能量计算的时候，在什么情况下要对分子加以极化和弥散？加了和没加有什么差异？对于一个具体的分子，怎么分析是否加极化和弥散？
2.在对两个或者更多个不同分子之间作用的体系，怎么确定各个分子之间的相对较好的位置，以为体系结构优化提供一个可靠而快速的条件？（例如两个MAA和另一个分子相互作用的体系）有没有其它什么快捷的方法辅助进行体系分子间相互作用的位置确定？
3.对分子的结构在溶剂中进行优化时，要输入溶剂的种类，实际上应该是确定介电常数是不？对于混合溶剂怎么考虑呢，比如水和乙腈，在windows版好像只能输入纯种溶剂。混合溶剂的介电常数查不到具体比例的数值，像是要用介电常数仪测定，各位认为应该怎么办呢？

请那位高手能够帮忙解决一下，十分感谢！最好能够发到我邮箱一下：zxg200910@126.com

我是贵州大学的学生，多多指教！

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1楼 2010-11-09 13:04:35

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manson1998

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
zxg200910(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+2): 2010-11-09 15:08:53

为什么加极化和弥散
----楼主可以参考极化和弥散基组的目的，用以处理自己所需要的体系，尽量做到物美(精确度高)价廉(用时短)的效果。
如何确定相对位置
----楼主可以查阅文献并依据自己的化学知识，如果是大分子体系，可能需要借助一些计算来表征分子表面的各种性质来辅助判断。
最后一问
-----尚不清楚

[ Last edited by manson1998 on 2010-11-9 at 14:42 ]

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2楼2010-11-09 14:34:32

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hzfish

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★ ★
zxg200910(金币+1):谢谢参与
zhou2009(金币+3): 2010-11-09 15:09:14
zxg200910(金币+1):多谢，看了你的回帖明白了不少！ 2010-11-09 17:11:59

1、有相关文献可以参考。
建议你在网上搜索《一种选择从头算基函数的有效方法》或中国科学上步宇翔的一篇文章也是关于基组选择的文章，具体文章名忘记了。
2、你可能参考别人做分子间氢键的文章。
3、只确定介电常数结果是不可靠的，影响溶剂化效应的因素很多，
溶剂化效应计算结果文件中有以下内容：
Polarizable Continuum Model (PCM)
=================================
Model             : PCM.
Atomic radii       : UA0 (Simple United Atom Topological Model).
Polarization charges : Total charges.
Charge compensation  : None.
Solution method    : Matrix inversion.
Cavity             : GePol (RMin=0.200 OFac=0.890).
                     Default sphere list used, NSphG= 25.
                     Tesserae with average area of 0.200 Ang**2.
1st derivatives    : Analytical V*U(x)*V algorithm (CHGder, D1EAlg=0).
                     Cavity 1st derivative terms included.
Solvent             : Water, Eps    =  78.390000
                           Eps(inf)= 1.776000
                           RSolv = 1.385000 Ang.

要自定义溶剂的话，至少Solvent下面的几项得给确定了。

GS计算好象不能直接设置多元溶剂，不知道用分层的方法或QM，MM接合能否设置多元溶剂？你可以试试。

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3楼2010-11-09 14:54:53

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zhou2009

版主 (著名写手)

★
zxg200910(金币+1):谢谢参与
zxg200910(金币+1):受益匪浅，但有些问题还需要请教，有些不明白，谢谢！ 2010-11-09 17:13:57

1、对分子加极化和弥散，原则上都应该进行，如哪怕是算H2这样最小的分子，用6-311++G**才能达到计算的结构数据、能量严格与实验值相符，但是对原子数较多的分子，这样作在计算时间上常是不现实的。
通常只对在分子体系中需要成键轨道较大延伸、变形的原子，具有孤对电子的原子，配位键，分子之间的作用原子，加极化和弥散。

2、对两个或者更多个不同分子之间作用的体系，怎么确定各个分子之间的相对较好的位置，为体系结构优化提供一个可靠而快速的条件？
这时可以对照二者的HOMO、LUMO，或是考虑二者亲电、亲核的部位，这可看HOMO、LUMO图，或静电势图或电子密度图来比较。
比如氢键，原子的孤对电子（静电势图为负值），对着另一个分子的H（连着O、N的，静电势图为较大正值的），距离取氢键距离。

3、对于混合溶剂，比如水和乙腈，可能应在上述氢键形成的基础上，安排一些水和乙腈来近似模拟、优化，你初学，试探优化的工作量大，难度较高。

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4楼2010-11-09 15:07:29

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