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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】各位好：我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial漂亮
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】各位好：我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial漂亮 已有5人参与

我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial上的漂亮，你们遇到过这样的情况吗？？还是我的xmgrace没有调好。自己感觉可能是xmgrace没有调好，曲线很大，波动也很明显。这是我做出来的图，xmgrace rmsd.dat出来的图：。
这是NAMD tutorial中的图：
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1楼 2010-11-03 18:06:31
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nufang19a

金虫 (正式写手)
有这方面的原因。谢谢了
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4楼2010-11-03 18:56:45
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查看全部 7 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-08 12:54:55
汗~你的模拟时间太短了吧~
底下这个图是1ns的，点很密集，当然看起来会好一些了~
先把教程看看再说~呵呵
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3楼2010-11-03 18:52:20
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红枫893

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-11-04 08:26:24
点少了，数据很分散，当然不好看了！
赞一下(2人) 回复此楼
希望我们可以成为朋友
6楼2010-11-04 08:21:44
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29050801

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
教程上说过这个问题 我记得
你给的第二附图
好像是右侧的那个把
她说了
右侧的不是上面模拟的结果
右侧的那个数据点比较多的
赞一下 回复此楼
个人主页http://cnrdn.com/pXg5
7楼2013-09-18 20:37:56
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