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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):鼓励 2010-11-03 15:56:48
归纳一下到目前为止可能的问题, 或者值得再去做的尝试:

(1) 重新pamp, 迭代步数 从1改为100W

BTW, 这样计算量增加多少???

(2) 重新制作emap, 将 cutoff减小, 从500KJ/mol改为100KJ/mol

(3) 将atm_atm_file中的vdw的cutoff修改, lowcut我设置的可能确实大了.

如果将LJ计算一下, 在能量从正到负的那个区域, 0.5A引起的变化, 还是相当大的.

还有啥值得尝试的?

比如TRANSLATE和ROTATE的Max displacement  我都设置为0.200, 这个有谁尝试优化过的??

[ Last edited by qphll on 2010-11-3 at 15:46 ]
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Life, Love, Laugh.
21楼2010-11-03 15:42:43
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5):谢谢 2010-11-03 19:38:33
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-03 15:42:43:
归纳一下到目前为止可能的问题, 或者值得再去做的尝试:

(1) 重新pamp, 迭代步数 从1改为100W

BTW, 这样计算量增加多少???

(2) 重新制作emap, 将 cutoff减小, 从500KJ/mol改为100KJ/mol

(3) 将atm_atm ...

重新做emap，我推荐你将C和O分开做，Snurr给的例子不是全部都对的。制作map不会很费时，一般最多半个小时就OK了。
其实如果你真想尝试是否是EMAP引起的错误，那么计算的时候，库伦作用全部不使用Map，全部用WFCOUL现算，VDW使用MAP，虽然慢点，但是吸附量低，也比较快，计算后看看结果如何？

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-3 at 15:59 ]
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22楼2010-11-03 15:57:56
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-03 19:38:46
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-03 15:57:56:

重新做emap，我推荐你将C和O分开做，Snurr给的例子不是全部都对的。制作map不会很费时，一般最多半个小时就OK了。
其实如果你真想尝试是否是EMAP引起的错误，那么计算的时候，库伦作用全部不使用Map，全部用WF ...

嗯, 也是一个值得尝试的.

另外, 关于emap的制作, 莫非也是需要迭代多步, 比如100W? 还有, 如果是将C和O分开, 那么probe分子采用的就是C或者O原子带的电荷, 而不是单位电荷?这个倒是也是值得尝试的, 因为用单位电话做探针, 后面实际计算的时候, 还是要内插, 所以反而不如分别制作C和O的emap.

我所能看到的分开制作emap的道理, 只有这个.
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23楼2010-11-03 16:05:46
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-11-03 19:38:55
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-03 16:05:46:


嗯, 也是一个值得尝试的.

另外, 关于emap的制作, 莫非也是需要迭代多步, 比如100W? 还有, 如果是将C和O分开, 那么probe分子采用的就是C或者O原子带的电荷, 而不是单位电荷?这个倒是也是值得尝试的, 因为用 ...

制作emap的探针，和制作pmap的探针一样，可以共用，不需要附上电荷，这就是我一直未能理解的地方，但是必须这么做，不然程序会报错。但是当计算gcmc的时候，CO2的分子里，每个原子必须有电荷。你照着这个去做做看吧。
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24楼2010-11-03 16:08:50
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qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-03 16:08:50:

制作emap的探针，和制作pmap的探针一样，可以共用，不需要附上电荷，这就是我一直未能理解的地方，但是必须这么做，不然程序会报错。但是当计算gcmc的时候，CO2的分子里，每个原子必须有电荷。你照着这个去做做 ...

多谢.

我得离开一下, 回头再来update.
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25楼2010-11-03 16:17:35
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ustc

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好帖， 回头学习一下！
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26楼2010-11-03 21:21:59
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-04 08:30:31
update 1:

发现pmap里面的cutoff也是设置成500KJ/mol了...
改成100KJ/mol继续算.

回忆起来, 这里的500KJ/mol是因为我生成bias map的时候, 将阀值提高, 从而使得bias能更好遍历. 没想到后来生成pmap和emap的时候, 都忘记改回来了, 杯具了.
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27楼2010-11-04 00:23:51
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):鼓励 2010-11-04 10:49:21
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1):鼓励，支持 2010-11-04 10:53:28
update 2:

重新生成了CO2的两个pmap文件, 和CuBTC的EMAP文件. 改动如下:

(1) Pmap的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修改为200KJ/mol

(2) EMAP的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修改为100KJ/mol

(3) atm_atm_file中,
CuBTC原子的vdw HICUT为13.1A, LOCUT为0.01A;
CO2原子和CO2-CBTC的vdw HICUT为12.8A, LOCUT为0.01A;

(4) PMAP的迭代次数由原先的1修改为1000000; EMAP的生成方法和原先一样, 还是用一个带单位电荷的探针, 迭代步数依然为1.

在map文件生成的情况下, 单点计算前面提到的那留个压力, 同时在不适用map文件的情况下计算41.28Kpa下的吸附

试验结果如下:

(1) 图一张



尽管我和文献一样, 每点迭代2E7, 取后50%平均, 但是文献是用了3*3*3, 我只是用1*1*1, 这样看起来结果吻合得还算可以.

(2) 同样的压力(41.28KPa), 不用map, 计算结果为2.24kg/mol, 使用PMAP+EMAP后的结果是 2.34kg/mol. 文献报导的改点吸附为 2.22kg/mol.

貌似不用map文件, 计算更加可靠一些? (假设文献报导的值是standard reference)

言下之意, PMAP或者EMAP还有需要改进的地方??? HOW????

(3) MAP文件对计算速度的提升还是很明显的, 依然是(2)中的比较, 不用map文件, 耗时7.1759 hrs, 使用了PMAP+EMAP, 耗时 58.714 min.

注意的是, 不用map文件时, 迭代步数为 1E7; 用Map文件下的计算, 都是 2E7

这样折算下来, 速度差别, 那是相当相当的大........
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rdfce6
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28楼2010-11-04 10:40:02
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6):鼓励 2010-11-04 10:53:45
update 3

同时生成其他的map文件, 比如, pmap的cutoff依然是500KJ, 比如, EMAP的迭代步数也由一步改为一百万步, 还比如, 不同CuBTC (VDW参数不同, atomic charge不同)的PMAP和EMAP.

但是这样正交下来的计算量还是蛮多的.....

CO2+CuBTC不是我感兴趣的体系, 之所以想要纠缠一下, 主要是想弄明白, 在计算未知体系的时候, 关于GCMC的计算, 有哪些需要考虑的因素和参数; 如果就是拿MuSiC来计算, 那么首先的制作MAP文件的时候, 该如何选择PMAP和EMAP的各个cutoff (atm_atm文件) 和 control file中的high energy cutoff ?? 又是如何自己通过一系列的尝试来找到比较合理的值? 判据是什么? 和实验值以及前人模拟结果的比较? 那如果没有怎么办?  体系总能量的波动?  (这个我倒还真没有从 MuSIC输出结果里面画图一下, 有谁尝试过吗??) 或者其他???
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29楼2010-11-04 10:50:34
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+6):呵呵~谢谢师兄啊 2010-11-04 10:57:50
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-04 10:40:02:
update 2:

重新生成了CO2的两个pmap文件, 和CuBTC的EMAP文件. 改动如下:

(1) Pmap的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修改为200KJ/mol

(2) EMAP的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修 ...

不是Map需要改进，而是你制作map的时候，迭代步数可能会有影响，另外一个影响计算结果微弱差别的地方，应该是计算过程中输出的构型数，输出的数目越多，统计的效果就会越好。在同样的步数下，输出的构型数目也会带来一点差别，你可以尝试，输出次数分别为1000、10000和10W，明显10W的效果最好。这里效果体现在打开post执行后生成的那个统计文件，看每个block中的数据差别是否大。同时，在吸附量较小的时候，采用较多的晶胞计算可以降低统计误差。最后一点，你的VDW cutoff应该全部采用12.8A，不知道你为何还保留13.1A 的设置，既然要重复文献，那么应该保持一致。

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-4 at 10:53 ]
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30楼2010-11-04 10:51:55
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