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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
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qphll

金虫 (正式写手)
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11楼2010-11-03 14:17:17
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qphll

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12楼2010-11-03 14:17:29
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ghcacj

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zh1987hs(金币+3): 2010-11-03 15:28:55
看了你的atm-atm文件，里面的截断半径不对，文献里是12.8，你的是13。Locut最好选择0.1。
此外，制作map的时候，计算步数不能只有1步，太少了，应该多迭代几次，最少100W步吧。CO2制作emap的时候，应该还是将C和O原子的emap分开制作。
吸附量算的这么大，我怀疑是emap做的不对，建议你将Emap分开制作，然后再试试。

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-3 at 15:10 ]
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13楼2010-11-03 14:35:37
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+1): 2010-11-03 15:28:49
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-03 14:35:37:
看了你的atm-atm文件，里面的截断半径不对，文献里是12.8，你的是13。Locut最好选择0.1。
此外，制作map的时候，计算步数不能只有1步，太少了，应该多迭代几次，最少100W步吧。CO2制作emap的时候，应该还是将C和 ...

CUTOFF这里, 有可能是一个因素, 但是没有觉得会这样大. 不管怎样, 倒是可以尝试.

CO2的两个pmap都生成了.

生成pmap或者emap的时候, CONTROL FILE的第二行No. of iterations数值, 我的理解就是1, 100W的原因在哪里?


关于emap, 应该就是只需要制作一个的. 用带单位电荷的原子去遍历, 就可以了.

[ Last edited by qphll on 2010-11-3 at 15:17 ]
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14楼2010-11-03 15:13:33
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ghcacj

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zh1987hs(金币+2): 2010-11-03 15:28:43
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-03 15:13:33:


CUTOFF这里, 有可能是一个因素, 但是没有觉得会这样大. 不管怎样, 倒是可以尝试.

CO2的两个pmap都生成了.

生成pmap或者emap的时候, CONTROL FILE的第二行No. of iterations数值, 我的理解就是1, 100W的 ...

虽然理论上来说1步就够了，但是经过我的尝试，发现步数多点，计算结果更可靠，原因未知。emap你还是把C和O分开做，调用的时候也分开调用，这样靠谱些。
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15楼2010-11-03 15:15:59
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qphll

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zh1987hs(金币+1): 2010-11-03 15:28:37
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-03 15:15:59:

虽然理论上来说1步就够了，但是经过我的尝试，发现步数多点，计算结果更可靠，原因未知。emap你还是把C和O分开做，调用的时候也分开调用，这样靠谱些。

倒是有这个可能, 如果只是计算一步, 有可能某些位置会没有包括进去. 不过按理, 那些卫被包括进去的点, 应该也是可以线性插入来求得VDW作用能量的.
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16楼2010-11-03 15:21:21
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zh1987hs(金币+3): 2010-11-03 15:28:23
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-03 15:21:21:


倒是有这个可能, 如果只是计算一步, 有可能某些位置会没有包括进去. 不过按理, 那些卫被包括进去的点, 应该也是可以线性插入来求得VDW作用能量的.

插值的结果不如取点的结果精确，还有就是map.ctr文件中，500.0     # High end potential cutoff, KJ/mol 这个数值建议降低，取100试试看。不然能量太高的点被保留，可能对计算会有影响。你按照我给你说的那些改，应该可以纠正，Cu-BTC吸附CO2不是很复杂，可以重复出来的。顺便说一句，你的Music学得挺快的。
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17楼2010-11-03 15:23:50
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qphll

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zh1987hs(金币+1): 2010-11-03 15:28:13
计算的log文件

http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10141017ne8x9nwj81uemiqb

我注意到四种运动的接受率都比较低, 这有可能也是问题来源之一.

INSERT (RINSERT)          Acc. Ratio: 0.6E-04   (377 of 6750096)  
DELETE (RDELETE)          Acc. Ratio: 0.9E-06   (6 of 6749627)  
TRANSLATE (RTRANSLATE)    Acc. Ratio: 0.151   (1022045 of 6751559)  Max disp:  0.200
ROTATE (RROTATE)          Acc. Ratio: 0.192   (1296338 of 6748718)  Max disp:  0.200
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18楼2010-11-03 15:26:21
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ghcacj

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引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-03 15:26:21:
计算的log文件

http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10141017ne8x9nwj81uemiqb

我注意到四种运动的接受率都比较低, 这有可能也是问题来源之一.

INSERT (RINSERT)          Acc. Ratio: 0.6 ...

恩，太多高能量的点夹杂在其中，接受率肯定低，如果你修改正确的话，计算时间应该会很短。因为吸附量很低。
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19楼2010-11-03 15:35:01
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qphll

金虫 (正式写手)
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-03 15:23:50:

插值的结果不如取点的结果精确，还有就是map.ctr文件中，500.0     # High end potential cutoff, KJ/mol 这个数值建议降低，取100试试看。不然能量太高的点被保留，可能对计算会有影响。你按照我给你说的那些改 ...

这个是正解! 我注意到这个问题了. 这是我做的一个测试, 当然不是针对CO2, 但是同样的吸附原子,

(a) 不考虑库仑作用, 仅仅计算VDW 的吸附等温线:

1.0000000000000             0.1312500
5.0000000000000             0.6143750
10.000000000000             1.1325000
30.000000000000             2.7875000
50.000000000000             4.0531250
80.000000000000             5.6306250
90.000000000000             6.0700000
100.00000000000             6.6918750
150.00000000000             8.6287500
180.00000000000             9.1937500
200.00000000000             9.9331250
300.00000000000            12.6425000
400.00000000000            14.6625000
500.00000000000            16.4937500
600.00000000000            18.1562500
700.00000000000            19.6356250
800.00000000000            20.9943750
900.00000000000            22.0650000
1000.0000000000            22.9000000
5000.0000000000            40.9293750

(b) 考虑VDW+库仑

2.5330000000000           180.4000000
3.4280000000000           185.0000000
5.3890000000000           188.0500000
7.5260000000000           189.0000000
9.3050000000000           189.0000000
12.680000000000           190.4000000
15.530000000000           191.0000000
18.370000000000           192.0000000
21.910000000000           194.8500000
25.990000000000           197.0000000
31.130000000000           199.0000000
37.320000000000           199.0000000
40.680000000000           199.0000000
44.030000000000           199.0000000
46.860000000000           201.9500000
50.920000000000           202.0000000
55.850000000000           202.0000000
60.260000000000           202.0000000
66.240000000000           203.0000000
68.880000000000           203.0000000
73.100000000000           203.0000000
76.970000000000           203.0000000

虽然压力数值(左轴)不很匹配, 但是多少能看出来一些. 也许就是因为emap的cutoff太大了.
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20楼2010-11-03 15:35:27
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