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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
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ghcacj

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阿超

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-05 21:18:08
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-05 09:40:53:


这个不是问题, 我测试的压力都不算高. 事实上我注意到这个问题,
从文献读出的是压力值, 在该温度下, 压力和逸度的转换(RP方程) 如下, 单位均为KPa

压力         逸度
11.55       11.54
41.28       41 ...

我记得是不论你在哪个地方输入，都应该是逸度值，GCMC的输入肯定是逸度，如果程序能自动进行转换，那么势必需要物性参数，不然随便你输入什么吸附质，程序都能转换，从道理上说不通。Music这个程序不可能自带这么多种物质的物性参数，如果这样，想必它就不会免费了。
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41楼2010-11-05 09:47:23
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ghcacj

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阿超

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-05 22:34:53
还发现，atm-atm文件里关于CO2原子和CuBTC之间的库伦作用，你设置为了WFCOUL计算，和你使用的EMAP中的EWALD方法是冲突，不知道这样情况下，程序运行时会用哪个方法。
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42楼2010-11-05 19:56:27
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qphll

金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+10):谢谢 2010-11-07 11:38:16
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-05 09:47:23:

我记得是不论你在哪个地方输入，都应该是逸度值，GCMC的输入肯定是逸度，如果程序能自动进行转换，那么势必需要物性参数，不然随便你输入什么吸附质，程序都能转换，从道理上说不通。Music这个程序不可能自带这 ...

逸度, 逸度, 逸度....

这是相关部分的源代码:

    !** array for fugacities
    Allocate(gcmcparams%fuglist(nsims, nspc), STAT=error)
    If (error/=0) Call allocErrDisplay(__FILE__,__LINE__,'fuglist')

    !** Get the fugacity
    Do i=1, nsims

      !** Set the pressure of each component
      Do j=1, gcmcparams%nspc
        spc = gcmcparams%gcmcspc(j)%spc

        !** pp is in kPa
        pp = gcmcparams%gcmcspc(j)%fuglist(i)%pressure
!        Write(*,*) spc, pp

        Call eos_setpressure(gcmcparams%eosparams, spc, pp)
      End Do

      !** Get the fugacity of each component
      Do j=1, gcmcparams%nspc
        spc = gcmcparams%gcmcspc(j)%spc
        fug = eos_getfugacity(gcmcparams%eosparams, spc) ! fug [=] kPa
        gcmcparams%gcmcspc(j)%fuglist(i)%fugacity = fug

        !** Get the excess chemical potential (B in Adams Notation)
        sivolume = volume*1.0e-30*Nav ! convert to m^3/mole
        B = Log(fug*1.0e3*sivolume/(Rgas*tk))

       !** This is Z/Omega, got from ideal parameters
      ! wrong:      Zig = eos_getConfInteg(gcmcparams%eosparams, j)
      ! we should be passing the sorbtype , not the index of gcmcmove
       Zig = eos_getConfInteg(gcmcparams%eosparams, spc)
       ratio = log(Zig)

       !** we need (PV)/(RTZ)
       B = B - ratio
!        Write(0,'(2a,i4,a,f16.2,6f16.10)') __FILE__,": ",__LINE__, &
!        " B ", ratio,B,Zig

        gcmcparams%gcmcspc(j)%fuglist(i)%B = B

        !** Get mu the chemical potential
        !** Calculate the DeBroglie wavelength
        mass = molecules_getmass(spc)
        mass = mass*1.0e-3              ! convert to kg
        Lambda = hplanck/Sqrt(twopi*mass/Nav*Rgas/Nav*tk)
        murti = (B - Log(sivolume/Nav/Lambda**3))
        gcmcparams%gcmcspc(j)%fuglist(i)%murti = murti
!        Write(*,*) fug, B, ratio, murti
      End Do
    End Do

由此可见, 不管是准备额外的压力文件, 还是直接在Control文件中写入数值, MuSiC都需要逸度.

我的错觉来源于这个源文件 virial.F90, 但是这个, 其实只是混合体系的再分配而已.

所以, 逸度, 逸度, 逸度.
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43楼2010-11-07 05:02:06
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qphll

金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+8):谢谢 2010-11-07 11:38:06
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-05 19:56:27:
还发现，atm-atm文件里关于CO2原子和CuBTC之间的库伦作用，你设置为了WFCOUL计算，和你使用的EMAP中的EWALD方法是冲突，不知道这样情况下，程序运行时会用哪个方法。

这个没有问题. 原因有二:

(1) 目前MuSiC只是支持生成 LJ Pamp和 EWALD Emap, 参加官方文档.

虽然这个文档是零八年三月更新的, 但是在最新的版本源代码中, 我没有找到针对这个的更新. 所以应该还是只是支持这两类? (欢迎讨论!)

http://zeolites.cqe.northwestern ... ntation/node39.html

Current code makes pmaps and emaps for only two types of interactions. pmap for LJ, emap for EWALD. There are no combined maps yet. Non-orthogonal cases are still being tested (as of 21 march 2008)

(2) 在生成emap文件以后, 在实际计算时, 程序只是考虑emap文件中的数值. atm_atm_file中关于库仑计算的WFCOUL参数, 已经影响不到实际计算了.

总结一下,
在我这里, 如果有用到EMAP, 那么EMAP的生成是EWALD方法(只能选择这个方法), GCMC计算时对库仑力的处理, 从EMAP来, 也是EWALD方法; 如果不用EMAP, 我对体系库仑力的处理采用WFCOUL.
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44楼2010-11-07 05:14:16
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Originally posted by qphll at 2010-11-07 05:14:16:



这个没有问题. 原因有二:

(1) 目前MuSiC只是支持生成 LJ Pamp和 EWALD Emap, 参加官方文档.

虽然这个文档是零八年三月更新的, 但是在最新的版本源代码中, 我没有找到针对这个的更新. 所以应该还是只是 ...

目前对于gcmc来说，想使用ewald方法，就必须用emap，而wfcoul方法只支持on the fly的计算，所以目前我都采用吸附质-吸附质之间的静电力用wfcoul，吸附剂-吸附质的静电力用ewald方法。（也是被逼的）
你的学习能力和态度都很强，佩服佩服。
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45楼2010-11-07 11:40:29
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ghcacj

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能将你生成EMAP时用到的Sorb-Sorb（分子-分子文件）贴出来吗？
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46楼2010-11-08 13:36:12
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qphll

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引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-08 13:36:12:
能将你生成EMAP时用到的Sorb-Sorb（分子-分子文件）贴出来吗？

CuBTC   CuBTC   NCOUL   OFF
CuBTC   CuBTC    COUL   OFF

probe     probe    NCOUL OFF
probe     probe    COUL  OFF


probe     CuBTC   NCOUL OFF  
probe     CuBTC    COUL  SUM FAST FIXED EWALD SFACTOR  KMAX@15  KAPPA@6.7  LOCUT@1e-10
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47楼2010-11-11 11:38:04
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qphll

金虫 (正式写手)
这两天在开会, 几天没有更新, 待会写一些update.
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48楼2010-11-11 11:43:14
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ghcacj

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那很奇怪的是我也照着文献做的，计算文件几乎和你一样，为何结果偏小？
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49楼2010-11-11 12:19:13
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qphll

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-04 11:02:01:


说得有道理. VDW cutoff的调整, 也是我其中的一个尝试. 回头再来update, 先做会正事....

积累了好多东西没有做, 开会就像休假, 早出晚归...

先update一下这个有关VDW的问题.

上图:



由此可以看到, VDW CUTOFF是蛮能影响结果的.

正像前楼说的,  如果要和文献比较, 那么就要完全一致. 如果是自己来摸索, 一定也要做一些测试, 直到CUTOFF几乎不影响最终的结果为止.

[ Last edited by qphll on 2010-11-11 at 12:37 ]
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50楼2010-11-11 12:27:00
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