【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题 - 分子模拟 - Monte Carlo - 第8页小木虫论坛-学术科研互动平台

71楼2010-11-14 19:47:31

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by ghcacj at 2010-11-14 19:47:31:
非常感谢，碰到高手了，其实我知道你以前是LXH老师的学生。你说到的NH3吸附在Cu-BTC上我也想尝试，请问你可否把文献列出来，我们一起做做看，碰到高手了，自然要多学习，这样才能成长的快。

此贴非常值得关注。。。

好好学习，天天向上。

72楼2010-11-16 10:52:48

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

Originally posted by zyj8119 at 2010-11-16 10:52:48:

此贴非常值得关注。。。

没有下文了？

好好学习，天天向上。

73楼2010-11-22 13:58:47

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

模拟EPI: 16
应助: 26 (小学生)
贵宾: 2.764
金币: 2543.5
散金: 8899
红花: 35
沙发: 3
帖子: 1376
在线: 1199小时
虫号: 513281
注册: 2008-02-27
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

是啊，没有下文了，可能LZ最近比较忙

74楼2010-11-22 15:39:10

qphll

金虫 (正式写手)

模拟EPI: 10
应助: 18 (小学生)
金币: 2708.7
散金: 2294
红花: 8
帖子: 554
在线: 227.1小时
虫号: 89654
注册: 2005-08-29
性别: GG
专业: 碳素材料与超硬材料

引用回帖:

Originally posted by ghcacj at 2010-11-22 15:39:10:
是啊，没有下文了，可能LZ最近比较忙

三个老师在组里访问. 过去的一周, 没有做成任何事情....

Next week will be better? :-)

赞一下

Life, Love, Laugh.

75楼2010-11-23 00:43:47

qphll

金虫 (正式写手)

模拟EPI: 10
应助: 18 (小学生)
金币: 2708.7
散金: 2294
红花: 8
帖子: 554
在线: 227.1小时
虫号: 89654
注册: 2005-08-29
性别: GG
专业: 碳素材料与超硬材料

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+10):精彩 2010-11-23 09:19:17

引用回帖:

Originally posted by zyj8119 at 2010-11-22 13:58:47:

没有下文了？

小update一下.

常常看到文献上有这样的说法:

"At least 20 million trials were used in the simulations, among which the first half was used for equilibrium, and the last half was used to calculate the ensemble averages."

那么这里的"20 million trials" 和 "50%" 这两个关键词是怎样来的?

同样用我们这里的例子, 同样用类似前面某次update提到的体系能量变化图, 我们再仔细看看:

上图!

大家可以看到, 我这里也是跑了 20 million, 也是将前50%扔掉, 后50%系综平均.

但是很明显, 从大图(黑线)可以看出, 体系的总能量在(10E6~14E6)这个阶段还是有很明显的降低. 从小图1(红线, 18E6~20E6)看出, 就算是将总迭代(2E7)的80%扔掉, 体系的能量在最后的20%那里还是在降低.

从小图2(蓝线, 19E6~20E6) 看起来, 似乎体系还是在波动, 但是考虑到波动的绝对值小于 20KJ (注意, 这里是 20KJ for the whole system, NOT 20KJ/mol), 再结合大图(黑线)最后 19E6~20E6处体现出来的'平坦', 我们有理由说服自己, 在19E6步以后, 体系已经达到平衡态了. 差不多可以安全地做系综平均了.

但是, 为了百分百放心, 最好在这个基础上, 再往后算10E6步, 然后看看这个区间 19E6~30E6 的能量波动, 如果能量的波动像小图2(蓝线)所示范围震荡, 那么OK, 放心大胆系综平均, 得出你的结论吧. 反之, 如果体系能量还是像小图1(红线)所示, 有一路下降的趋势(哪怕斜率平坦), 那么对不起, 体系还没有平衡, 继续跑吧......

以上小小update, 可以看作如何选择迭代总步数, 如果选择系综平均(到底扔掉前面的百分之多少)的一些依据.

[ Last edited by qphll on 2010-11-23 at 07:02 ]

赞一下(2人)

Life, Love, Laugh.

76楼2010-11-23 06:56:08

zyj8119

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 10
应助: 65 (初中生)
贵宾: 0.003
金币: 915.1
散金: 1440
红花: 35
帖子: 2936
在线: 1329.4小时
虫号: 664177
注册: 2008-11-29
性别: GG
专业: 理论和计算化学

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流

引用回帖:

Originally posted by qphll at 2010-11-23 06:56:08:

小update一下.

常常看到文献上有这样的说法:

"At least 20 million trials were used in the simulations, among which the first half was used for equilibrium, and the last half was used ...

谢谢楼主继续跟进。。。

好好学习，天天向上。

77楼2010-11-23 08:30:11

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

模拟EPI: 16
应助: 26 (小学生)
贵宾: 2.764
金币: 2543.5
散金: 8899
红花: 35
沙发: 3
帖子: 1376
在线: 1199小时
虫号: 513281
注册: 2008-02-27
性别: GG
专业: 理论和计算化学
管辖: 分子模拟

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-23 12:34:19

引用回帖:

不过目前我看到过的文献，计算步数最大一般是4E7了，似乎很难有更大的，这个感觉不光和计算体系有关，也和硬件配置相关，几年前几百万步一样可以被接受，现在似乎一定要1E7以上了。这个就和计算能接受的误差有关，对于贴出这个图，如果能接受的误差比较大，那么1KJ的能量波动也可以接受，当然有人更喜欢精确的数据。

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-23 at 10:17 ]

赞一下(2人)

78楼2010-11-23 09:20:27

qphll

金虫 (正式写手)

模拟EPI: 10
应助: 18 (小学生)
金币: 2708.7
散金: 2294
红花: 8
帖子: 554
在线: 227.1小时
虫号: 89654
注册: 2005-08-29
性别: GG
专业: 碳素材料与超硬材料

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2010-11-23 12:46:03

引用回帖:

Originally posted by ghcacj at 2010-11-23 09:20:27:

不过目前我看到过的文献，计算步数最大一般是4E7了，似乎很难有更大的，这个感觉不光和计算体系有关，也和硬件配置相关，几年前几百万步一样可以被接受，现在似乎一定要1E7以上了。这个就和计算能接受的误差有 ...

几年前, 实验对于表面,界面和受限孔内的现象几乎束手无策, 理论计算怎么说怎么有理. 现在仪器和实验技术的发展, 要求理论计算能提供更加精细的信息, 不单单满足于往左还是往右这样的趋势, 而且要求能说出往左多少度这样的信息. 所以计算精度要求的提高,也是势在必行.

Life, Love, Laugh.

79楼2010-11-23 12:42:57