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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-23 14:41:16
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-23 13:56:39:
很好，LZ上次说模拟Cu-BTC吸附NH3的例子，有文献吗？

没. 光NH3本身的力场就是问题, 它和H2O的力场一样, 力场让人头疼. 值得做得东西还有就是将MOF的力场精细化, 一般采用的UFF太粗略了. 而且rigid处理总是不很恰当, 尤其是要研究分子在MOF里面的动态行为的时候, 比如扩散.

[ Last edited by qphll on 2010-11-23 at 14:25 ]
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81楼2010-11-23 14:21:33
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ghcacj

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zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-05 17:22:29
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-23 14:21:33:


没. 光NH3本身的力场就是问题, 它和H2O的力场一样, 力场让人头疼. 值得做得东西还有就是将MOF的力场精细化, 一般采用的UFF太粗略了. 而且rigid处理总是不很恰当, 尤其是要研究分子在MOF里面的动态行为的时候, ...

NH3我不了解，但是H2O我知道，至今没有一个很确切的答案，反正力场就有很多种，各有各的优势，UFF是粗，但是很多人考虑到计算的结果还可以接受，也就都习惯用了，精细化的力场我看容易被人说移植性不好，反正是各有各的道理。Rigid我觉得也是无奈的选择，都知道Flexible好，尤其是大分子吸附时，可是对于不能并行的MC来说，Flexible的计算量很难想象。
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82楼2010-11-23 14:34:02
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gjh123

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问楼主个问题：当考虑库仑相互作用时，ALPHA@0.2  这个参数是什么意思啊？谢谢楼主
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83楼2010-12-03 23:05:45
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-05 17:22:54
update,

前1E7扔掉, 分析了后1E7的能量变化. 看起来, 在1.5E7以后, 体系差不多到达平衡态啦.
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84楼2010-12-05 13:19:01
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-05 17:23:05
引用回帖:
Originally posted by gjh123 at 2010-12-03 23:05:45:
问楼主个问题：当考虑库仑相互作用时，ALPHA@0.2  这个参数是什么意思啊？谢谢楼主

回复晚啦, 望见谅.

你的这个问题, 我前面有讲过:

KAPPA 是和 EWALD SUM里面的Gaussian function有关的一个参数, 它定义了 Gaussian Function的带宽.
如果你看Frenkel&Smit 的第十二章, 这里程序中的KAPPA参数值等于Frenkel&Smit Chap.12中的alpha^0.5.

请参见 本帖 69楼 我的某次update, 原则上讲, 不怎么需要担心这个参数. 但是弄明白些总是好的.
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85楼2010-12-05 13:23:48
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gjh123

金虫 (正式写手)
谢谢楼主的热心讲解！
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86楼2010-12-05 14:42:14
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ghcacj

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阿超

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★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问LZ一个问题，目前文献中计算吸附等温线，一般分两种，一种是直接用music之类的MC软件跑等温线，也就是说在每个压力点下，吸附剂起始状态都是空的，然后根据uVT计算吸附量。另外一种方法是除了第一个压力点用空吸附剂作为起始状态，其余均用前一个压力点作为起始状态，这样的好处是可以节省计算时间，不过这样做的人往往宣称这样的方法更贴合吸附的实际情况，请问是这样的吗？
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87楼2010-12-11 10:45:22
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qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:50:06
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-12-11 10:45:22:
问LZ一个问题，目前文献中计算吸附等温线，一般分两种，一种是直接用music之类的MC软件跑等温线，也就是说在每个压力点下，吸附剂起始状态都是空的，然后根据uVT计算吸附量。另外一种方法是除了第一个压力点用空吸 ...

正解!

其实两种方法都是正确的. 只要每种方法的精度都达到要求, 那么应该是给出相同的结果. 其实这也是为什么MC可以续算的原因.

另外, 我推荐第二种方法. 确实能省不少时间.
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88楼2010-12-11 11:28:38
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ghcacj

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阿超

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zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:50:14
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-11 11:28:38:


正解!

其实两种方法都是正确的. 只要每种方法的精度都达到要求, 那么应该是给出相同的结果. 其实这也是为什么MC可以续算的原因.

另外, 我推荐第二种方法. 确实能省不少时间.

的确，我尝试过，尤其是在吸附量平衡后，时间大幅降低，查看计算细节，也发现多是平移和旋转被接受，效率的确提高很多。不过这里有一个问题，就是如果用Music来这么做，就必须一个点一个点的跑，要是能通过修改程序，让程序在计算等温线时自动选择前一个点的restart文件，则方便很多。
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89楼2010-12-11 14:05:00
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niting1107
90楼2011-01-02 14:30:06
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