应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
1029/11返回列表首页上一页67891011下一页
查看: 7707  |  回复: 101
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 3 个 模拟EPI ，点击这里进行查看

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-23 14:41:16
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-11-23 13:56:39:
很好，LZ上次说模拟Cu-BTC吸附NH3的例子，有文献吗？

没. 光NH3本身的力场就是问题, 它和H2O的力场一样, 力场让人头疼. 值得做得东西还有就是将MOF的力场精细化, 一般采用的UFF太粗略了. 而且rigid处理总是不很恰当, 尤其是要研究分子在MOF里面的动态行为的时候, 比如扩散.

[ Last edited by qphll on 2010-11-23 at 14:25 ]
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
81楼2010-11-23 14:21:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-05 17:22:29
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-11-23 14:21:33:


没. 光NH3本身的力场就是问题, 它和H2O的力场一样, 力场让人头疼. 值得做得东西还有就是将MOF的力场精细化, 一般采用的UFF太粗略了. 而且rigid处理总是不很恰当, 尤其是要研究分子在MOF里面的动态行为的时候, ...

NH3我不了解，但是H2O我知道，至今没有一个很确切的答案，反正力场就有很多种，各有各的优势，UFF是粗，但是很多人考虑到计算的结果还可以接受，也就都习惯用了，精细化的力场我看容易被人说移植性不好，反正是各有各的道理。Rigid我觉得也是无奈的选择，都知道Flexible好，尤其是大分子吸附时，可是对于不能并行的MC来说，Flexible的计算量很难想象。
赞一下(2人) 回复此楼
82楼2010-11-23 14:34:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问楼主个问题：当考虑库仑相互作用时，ALPHA@0.2  这个参数是什么意思啊？谢谢楼主
赞一下(1人) 回复此楼
83楼2010-12-03 23:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-12-05 17:22:54
update,

前1E7扔掉, 分析了后1E7的能量变化. 看起来, 在1.5E7以后, 体系差不多到达平衡态啦.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
84楼2010-12-05 13:19:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-12-05 17:23:05
引用回帖:
Originally posted by gjh123 at 2010-12-03 23:05:45:
问楼主个问题：当考虑库仑相互作用时，ALPHA@0.2  这个参数是什么意思啊？谢谢楼主

回复晚啦, 望见谅.

你的这个问题, 我前面有讲过:

KAPPA 是和 EWALD SUM里面的Gaussian function有关的一个参数, 它定义了 Gaussian Function的带宽.
如果你看Frenkel&Smit 的第十二章, 这里程序中的KAPPA参数值等于Frenkel&Smit Chap.12中的alpha^0.5.

请参见 本帖 69楼 我的某次update, 原则上讲, 不怎么需要担心这个参数. 但是弄明白些总是好的.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
85楼2010-12-05 13:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gjh123

金虫 (正式写手)
谢谢楼主的热心讲解！
赞一下 回复此楼
86楼2010-12-05 14:42:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问LZ一个问题，目前文献中计算吸附等温线，一般分两种，一种是直接用music之类的MC软件跑等温线，也就是说在每个压力点下，吸附剂起始状态都是空的，然后根据uVT计算吸附量。另外一种方法是除了第一个压力点用空吸附剂作为起始状态，其余均用前一个压力点作为起始状态，这样的好处是可以节省计算时间，不过这样做的人往往宣称这样的方法更贴合吸附的实际情况，请问是这样的吗？
赞一下(1人) 回复此楼
87楼2010-12-11 10:45:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:50:06
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-12-11 10:45:22:
问LZ一个问题，目前文献中计算吸附等温线，一般分两种，一种是直接用music之类的MC软件跑等温线，也就是说在每个压力点下，吸附剂起始状态都是空的，然后根据uVT计算吸附量。另外一种方法是除了第一个压力点用空吸 ...

正解!

其实两种方法都是正确的. 只要每种方法的精度都达到要求, 那么应该是给出相同的结果. 其实这也是为什么MC可以续算的原因.

另外, 我推荐第二种方法. 确实能省不少时间.
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
88楼2010-12-11 11:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2011-01-06 22:50:14
引用回帖:
Originally posted by qphll at 2010-12-11 11:28:38:


正解!

其实两种方法都是正确的. 只要每种方法的精度都达到要求, 那么应该是给出相同的结果. 其实这也是为什么MC可以续算的原因.

另外, 我推荐第二种方法. 确实能省不少时间.

的确，我尝试过，尤其是在吸附量平衡后，时间大幅降低，查看计算细节，也发现多是平移和旋转被接受，效率的确提高很多。不过这里有一个问题，就是如果用Music来这么做，就必须一个点一个点的跑，要是能通过修改程序，让程序在计算等温线时自动选择前一个点的restart文件，则方便很多。
赞一下(2人) 回复此楼
89楼2010-12-11 14:05:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niting1107
90楼2011-01-02 14:30:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 qphll 的主题更新
1029/11返回列表首页上一页67891011下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-09 00:14 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭