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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+2):鼓励交流 2010-11-16 16:32:17
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:19:13:
那很奇怪的是我也照着文献做的，计算文件几乎和你一样，为何结果偏小？

差别有多少? 等我将文件整理好传给你, 所有参数, 包括计算步数完全一摸一样, 那结果的区别, 只是可能来源于随机数的调用. 在足够步数的情况下, 这个随机数带来的差别是可以忽略的.

所以如果有差别, 那么只能说明计算的步数还不够, 体系没有达到真正的平衡. 我还没有看能量的变化. 回头看完以后再上能量图.
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51楼2010-11-11 12:31:20
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ghcacj

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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-16 16:32:33
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Originally posted by qphll at 2010-11-11 12:31:20:



差别有多少? 等我将文件整理好传给你, 所有参数, 包括计算步数完全一摸一样, 那结果的区别, 只是可能来源于随机数的调用. 在足够步数的情况下, 这个随机数带来的差别是可以忽略的.

所以如果有差别, 那么 ...

计算步数肯定不少，1000W，但是41.19那个逸度点，计算到的吸附量只有16.5mole/uc左右，真是很奇怪，不过我的计算文件和你的不完全一样，做了一些我觉得不会影响结果的修改，比如将你的Cu-BTC中的Cb和Cc原子用一个原子文件表示，忽略了Cu-BTC自身的VDW势能，但是差别不应该这么大把。

[ Last edited by ghcacj on 2010-11-11 at 12:38 ]
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52楼2010-11-11 12:36:52
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qphll

金虫 (正式写手)
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-11-16 16:32:43
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:36:52:

计算步数肯定不少，1000W，但是41.19那个逸度点，计算到的吸附量只有16.5mole/uc左右，真是很奇怪，不过我的计算文件和你的不完全一样，做了一些我觉得不会影响结果的修改，比如将你的Cu-BTC中的Cb和Cc原子用一 ...

Ca, Cb, Cc的区别只是电荷, 它们的VDW是一样的. 看你怎样使用, 可能在EMAP文件的时候, 或者WFCOUL的时候, 区别就体现出来了. 我的看法, 只要有一个参数值不一样, 我就另命名一下.
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53楼2010-11-11 12:42:36
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ghcacj

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Originally posted by qphll at 2010-11-11 12:42:36:


Ca, Cb, Cc的区别只是电荷, 它们的VDW是一样的. 看你怎样使用, 可能在EMAP文件的时候, 或者WFCOUL的时候, 区别就体现出来了. 我的看法, 只要有一个参数值不一样, 我就另命名一下.

好的，我接受你的建议，让CuBTC结构和文章保持一致，不过说实话，你找的这篇文献还真没说是用Music做的。
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54楼2010-11-11 12:45:07
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qphll

金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-11 13:45:31
update ?

对于CO2@CuBTC的测试, 其实还没有完全收工.

如果我们看看计算中采用的VDW:

         sigma, angstrom
Cu:          3.11
Ca:          3.75
Cb:          3.75
Cc:          3.75
O:           2.96
H:           2.42

C_CO2:    2.80
O_CO2:    3.05

考虑到计算盒子的长度是 26.343 angstrom, 我采用的最大的VDW CUTOFF就是13.1 angstrom, 但是, 请注意一下, 一般计算的时候, 我们说 VDW能量的贡献, 一般至少在 4*sigma以上才能忽略.

这里是不能满足这个条件啦!!! 所以, 对于CuBTC 的 unit cell , 采用 1*1*1是不建议的!!!
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55楼2010-11-11 13:01:40
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金虫 (正式写手)
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Originally posted by ghcacj at 2010-11-11 12:45:07:

好的，我接受你的建议，让CuBTC结构和文章保持一致，不过说实话，你找的这篇文献还真没说是用Music做的。

哈哈, 那个老板在她做博后的时候, 我就认识她啦. 她那个时候就是在西北Snurr那里. 今天开会的时候, 还听了她组里两个学生的报告, 还跟她握手寒暄了几句. 绝对是MuSiC计算的.
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56楼2010-11-11 13:08:01
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ghcacj

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Originally posted by qphll at 2010-11-11 13:08:01:


哈哈, 那个老板在她做博后的时候, 我就认识她啦. 她那个时候就是在西北Snurr那里. 今天开会的时候, 还听了她组里两个学生的报告, 还跟她握手寒暄了几句. 绝对是MuSiC计算的.

真是爽啊，可以接触到这些牛人，我知道她在Snurr那里呆过，但是不知道她后来是否会换软件。将Cu-BTC结构中的原子改了，还是不行，计算结果是16.424。
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57楼2010-11-11 13:18:26
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金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-11-11 13:45:24
update

如果大家有注意比较的话, (可惜我没有上传完整的log文件), 理想统计情况是我们希望将接受概率控制在50%左右.


看看这里的情况, 上图...



可以看到, 在其他情况不变的情况下, Map文件中, HighEnergyCutOFF的变化, 可以调节Acc. Ratio.

比较的是前面那些点中的 120.67 KPa那个压力点.

有什么启发吗???

[ Last edited by qphll on 2010-11-11 at 13:24 ]
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58楼2010-11-11 13:22:59
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金虫 (正式写手)
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ghcacj(金币+10):谢谢 2010-11-11 13:45:44
update:

CO2@CuBTC 用到的文件.

做了很多的测试, 修改了好多的参数. 请根据帖子里面提到的测试来修改, 如果你也想做同样的测试的话.


http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=10185145clqphqz5y1h4gpue
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59楼2010-11-11 13:40:39
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qphll

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ghcacj(金币+10):谢谢 2010-11-11 14:11:03
我应该还有一个update没有做, 就是有关能量的波动曲线. 今天是没有时间做那个事情了. 但是现在如果回头看看做的这些的尝试, 有多少事实上是不需要的呢, 或者有哪些是在计算之前就需要弄清楚的呢?

(1) 体系的大小
(2) VDW参数
(3) CUTOFF数值, VDW, COUL (WFCOUL or EWALD ?)
(4) 计算步数, 能量曲线, 接受概率
(5) MC MOVE的步长
(6) 文献 (实验, 计算)

注意:
(a) 如果要修改CuBTC 为 2*2*2, 很有可能会遇到报错, 说有too many spec-spec interaction. 需要修改ssbasic.F90 Line 1532, 将那里的体系限制从10000改大.

(b) 在 CuBTC 为 2*2*2的情况下, map文件的生成是一个问题, 不管是emap, 还是pamp, 除了需要修改一些参数, 例如, ewald.F90中是hard coded to 50000. 你需要增大这个阀值. 但是, 增大了也没有用. 因为你的内存很有可能是不够的, 我大概估算了一下, 在 0.1 angstrom 为步长的情况下, map文件的生成, 似乎需要大于5G的内存分配. 或者我疏漏了什么, 但是有谁做过这个尝试嘛???

不管怎样, 将这些问题放在心里, 那么你就可以在重现文献数据, 练手熟练的情况下, 放手尝试新的体系了, 而且会对你自己的计算结果有信心!

(欠一个能量图的分析......)
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60楼2010-11-11 13:58:15
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