应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Monte Carlo » 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
511/1返回列表
查看: 6513  |  回复: 101
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 3 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

qphll

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题已有12人参与

在用MuSiC测试体系: CO2+CuBTC的时候, 发现了两个问题:
(1) 采用与文献相同模拟, 相同参数, 相同软件的情况下, 吸附量差别很大;
(2) 改变压力做吸附等温线, 不同压力下的吸附量竟然差别不大.

应该是哪里的设置有些问题. 让我细细道来, 大家评论一下.

拿来测试的文献是: Molecular Simulations and Experimental Studies of CO2, CO and N2 adsorption in Metal-Organic Frameworks, J. Phys. Chem. C, 114, 15735, 2010

更具体一点, 试图重复的数据是该文献Figure-2中, 298K下CO2在CuBTC中的吸附. 在GetData的帮助下, Figure-2中CO2在CuBTC的吸附量大致如下:

Pressure, KPa              Loading, mol/kg
41.28                          2.22
120.67                        5.40
321.05                       10.93
530.09                       12.94
720.96                       14.03
1149.34                      14.95

以41.28KPa这个压力点为例, 贴出所有我计算中用到的文件.
回复此楼

» 猜你喜欢
Life, Love, Laugh.
1楼2010-11-03 14:13:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rdfce6

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
28楼: Originally posted by qphll at 2010-11-04 10:40:02
update 2:

重新生成了CO2的两个pmap文件, 和CuBTC的EMAP文件. 改动如下:

(1) Pmap的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修改为200KJ/mol

(2) EMAP的control file中 cutoff阀值由原先500KJ/mol 修改 ...

您好，看了您的帖子，收获良多，目前有些问题还不是很理解，想问一下您。
1.        在原子-原子文件里面写L-B Mixture 类的LJ参数时，SIG和EPS都写成了SIG@LBMIX，不应该是SIG@数字（数字是算出来的）吗？还是说本身有可用的子程序，可以直接计算？
2.        在第28楼里面，您用了2种方法来算吸附情况，分别是Net Adsorption以及Excess Adsorption，除此之外，我还看到过另一种模拟被称为Absolute Adsorption(我看的那篇是JPCC上2011，115，20628-20638) 。请问您具体讲一下他们三者之间的区别以及在MUSIC里面怎样实现这种区别吗
3.        在第三楼里，你的CO2_C_prob.mol 文件的分子名和后面对应坐标的原子名有什么联系吗？CO2_C_prob与C_CO2两者C和co2的位置一定要反着吗？还是是随便命名的？
4.        在5楼里面的控制文件里，GCMC有一段是这样的
CO2
41.1949
Null               
4
1.0, 1.0, 1.0, 1.0         
RINSERT
RDELETE
RTRANSLATE
0.2, 0
RROTATE
0.2, 0
这里面的RROTATE是指的随机旋转吗？由于是多原子所以有的？
谢谢大神~辛苦了~
赞一下 回复此楼
102楼2013-11-12 14:00:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 102 个回答

qphll

金虫 (正式写手)
(1) 生成CO2的两个pmap文件, 一个是O原子在CuBTC的VDW格点; 另外一个是C原子在CuBTC的VDW格点.

以C原子为例.

(a). Control File


------ General Information ------------------------------------------  
CO2 in CuBTC_M4, to generate C_CO2 Pamp@CuBTC
1   
1   
1   
1
2
191283
4                    
C_CO2.CuBTC_M4.pmap.res
C_CO2.CuBTC_M4.pmap.con
------ Atomic Types --------------------------------------------------
7                        

C_CO2
C_CO2.atm

Ca_CuBTC_M4
Ca_CuBTC_M4.atm

Cb_CuBTC_M4
Cb_CuBTC_M4.atm

Cc_CuBTC_M4
Cc_CuBTC_M4.atm

Cu_CuBTC_M4
Cu_CuBTC_M4.atm

O_CuBTC_M4
O_CuBTC_M4.atm

H_CuBTC_M4
H_CuBTC_M4.atm

------ Molecule Types -------------------------------------------------
2                    
                                                                  
CO2_C_prob
CO2_C_prob.mol

CuBTC_M4
CuBTC_M4.mol
------ Simulation Cell Information ------------------------------------
CuBTC_M4
1, 1, 1              
1, 1, 1              
------ Forcefield Information -------------------------------------------
BASIC               
ATM                  
atm_atm_file
mol_mol_file
intramolecular_file
------ Mapmaker Information  -----------------------------------------------
1         # Number of maps to make
          #  PLEASE KEEP THIS 'BLANK LINE'!!
CuBTC_M4     # Name of the sorbent
CO2_C_prob      # Name of prob atoms of the sorbate
NCOUL LJ  # Typer of interaction to be mapped
0.1       # Grid of spacing, Angstrom
500.0     # High end potential cutoff, KJ/mol
C_CO2.LJ.M4.pmap      # Map filename or AUTO
------ Configuration Initialization -------------------------------------
CO2_C_prob
GCMC NULL
CuBTC_M4
FIXED NULL

(b) mol_mol_file

CuBTC_M4   CuBTC_M4   NCOUL   OFF
CuBTC_M4   CuBTC_M4    COUL   OFF

CO2_C_prob        CO2_C_prob   COUL OFF
CO2_C_prob        CO2_C_prob   NCOUL OFF

CO2_C_prob      CuBTC_M4    COUL   OFF
CO2_C_prob      CuBTC_M4   NCOUL   BASIC   LJ    FAST

(c) intramolecular_file

Intra: CO2_C_prob
Intra: CuBTC_M4

(d) atm_atm_file
### CuBTC_M4, JPCB, 2006, 110, 17776
Ca_CuBTC_M4   Ca_CuBTC_M4   LJ   SIG@3.75   EPS@44.91   HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cb_CuBTC_M4   Cb_CuBTC_M4   LJ   SIG@3.55   EPS@35.23   HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cc_CuBTC_M4   Cc_CuBTC_M4   LJ   SIG@3.55   EPS@35.23   HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cu_CuBTC_M4   Cu_CuBTC_M4   LJ   SIG@3.11   EPS@2.52    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CuBTC_M4     O_CuBTC_M4   LJ   SIG@2.96   EPS@73.98   HICUT@13.0   LOCUT@0.5
H_CuBTC_M4     H_CuBTC_M4   LJ   SIG@2.42   EPS@15.10   HICUT@13.0   LOCUT@0.5
# L-B Mixture for Intra-CuBTC atoms
Ca_CuBTC_M4  Cb_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Ca_CuBTC_M4  Cc_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Ca_CuBTC_M4  Cu_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Ca_CuBTC_M4   O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Ca_CuBTC_M4   H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

Cb_CuBTC_M4  Cc_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cb_CuBTC_M4  Cu_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cb_CuBTC_M4   O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cb_CuBTC_M4   H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

Cc_CuBTC_M4  Cu_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cc_CuBTC_M4   O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cc_CuBTC_M4   H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

Cu_CuBTC_M4   O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
Cu_CuBTC_M4   H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

O_CuBTC_M4    H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
##########################################################################



##########################################################################
### CO2
C_CO2       C_CO2     LJ   SIG@2.8     EPS@27.0     HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2       O_CO2     LJ   SIG@3.05    EPS@79.0     HICUT@13.0   LOCUT@0.5
# L-B Mixture for Intra-NH3 atoms
C_CO2       O_CO2     LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

## CO2-CuBTC_M4, L-B Mixture
C_CO2     Ca_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
C_CO2     Cb_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
C_CO2     Cc_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
C_CO2     Cu_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
C_CO2      O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
C_CO2      H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5

O_CO2     Ca_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2     Cb_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2     Cc_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2     Cu_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2      O_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
O_CO2      H_CuBTC_M4    LJ   SIG@LBMIX   EPS@LBMIX    HICUT@13.0   LOCUT@0.5
##########################################################################

##############################################################################
##### Coulombic

############################################################################
### CO2-CO2 #####
C_CO2    C_CO2   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.2
O_CO2    O_CO2   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2    O_CO2   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1

### CO2-CuBTC_M4  #####
C_CO2    Ca_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2    Cb_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2    Cc_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2    Cu_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2     O_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
C_CO2     H_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1

O_CO2    Ca_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
O_CO2    Cb_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
O_CO2    Cc_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
O_CO2    Cu_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
O_CO2     O_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
O_CO2     H_CuBTC_M4   WFCOUL   HICUT@13.0   ALPHA@0.1
################################################################################

[ Last edited by qphll on 2010-11-3 at 14:31 ]
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
2楼2010-11-03 14:14:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
一些molecule文件和atom文件

(a)  CuBTC_M4.mol文件, 不管是生成pmap, 还是emap, 还是GCMC的时候, 都是同一个, 其文件内容如下:

字数限制, 该文件内容不完整.

## Basic Molecule Information
## CuBTC Model-4
## CuBTC, Total number of atom in CuBTC UnitCell: 624
## The Charge Information is from, JPCB, 2006, 110, 17776
## Cu:  1.098   *  48
##  O: -0.665   *  192
## Ca:  0.778   *  96
## Cb: -0.092   *  96
## Cc: -0.014   *  96
##  H:  0.109   *  96
## The initial coordinates (dehydrated form) are from "Science, 1999, 283, 1148"

Molecule_Name: CuBTC_M4 CHARGED

Coord_Info: Listed Cartesian Rigid NOTRANSFORM
     624
     1        8.341   6.405  -1.376       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     2       18.002  19.938  -1.376       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     3       18.002   6.405   1.376       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     4        8.341  19.938   1.376       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     5       -1.376   8.341   6.405       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     6       -1.376  18.002  19.938       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
     7        1.376  18.002   6.405       O_CuBTC_M4    -0.665    0     0
   
   .....
   .....

   621       10.195  21.654   4.689      Cb_CuBTC_M4      -0.092     0     0
   622       11.362  20.990   5.353      Ca_CuBTC_M4      0.778    0     0
   623       10.195   4.689  21.654      Cb_CuBTC_M4      -0.092     0     0
   624       11.362   5.353  20.990      Ca_CuBTC_M4      0.778    0     0


  Fundcell_Info: Listed
       26.34300       26.34300       26.34300   # unit cell edge lengths
       90.00000       90.00000       90.00000   # unit cell angles
        0.00000        0.00000        0.00000   # origin of unit cell
       26.34300       26.34300       26.34300   # effective bound box size

(b) CO2_C_prob.mol 文件

Molecule_Name: CO2_C_prob
Coord_Info: Listed Cartesian Rigid
1  # Number of atoms in molecule
1  0.000000   0.000000   0.000000 C_CO2  0.0  0  0

Atom文件比较简单, 这里给出分别来自CuBTC和CO2的原子文件为例

(c) Cu_CuBTC.atm

##### Basic atom information

Atom_Name: Cu_CuBTC
Atom_Symbol: Cu
Atom_SS_Charge: 0.0
Atom_SZ_Charge: 0.0
Atom_Mass: 63.546
Atom_Valency: 2


(d) C_CO2.atm

##### Basic Atom Information

Atom_Name: C_CO2
Atom_Symbol: C
Atom_SS_Charge: 0.4
Atom_SZ_Charge: 0.4
Atom_Mass: 12.0
Atom_Valency: 4

[ Last edited by qphll on 2010-11-3 at 14:42 ]
赞一下 回复此楼
Life, Love, Laugh.
3楼2010-11-03 14:14:48
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qphll

金虫 (正式写手)
分别生成的两个pmap文件命名为:

C_CO2.M4.LJ111.pmap
O_CO2.M4.LJ111.pmap

至于emap, 针对每种吸附质, 只需要生成一个, 其原理就是生成该吸附质的库仑力格点.

(a) Control File 内容


------ General Information ------------------------------------------
CuBTC_M4, to generate eamp@CuBTC
1   
1   
1   
1
2
191283
4                    
CuBTC_M4.emap.res
CuBTC_M4.emap.con
------ Atomic Types --------------------------------------------------
7                        

Patom
Patom.atm

Ca_CuBTC_M4
Ca_CuBTC_M4.atm

Cb_CuBTC_M4
Cb_CuBTC_M4.atm

Cc_CuBTC_M4
Cc_CuBTC_M4.atm

Cu_CuBTC_M4
Cu_CuBTC_M4.atm

O_CuBTC_M4
O_CuBTC_M4.atm

H_CuBTC_M4
H_CuBTC_M4.atm

------ Molecule Types -------------------------------------------------
2                    
                                                                    
probe
probe.mol

CuBTC_M4
CuBTC_M4.mol
------ Simulation Cell Information ------------------------------------
CuBTC_M4
1, 1, 1           
1, 1, 1              
------ Forcefield Information -------------------------------------------
BASIC               
ATM                  
atm_atm_file
mol_mol_file
intramolecular_file
------ Mapmaker Information  -----------------------------------------------
1         # Number of maps to make
          #  PLEASE KEEP THIS 'BLANK LINE'!!
CuBTC_M4     # Name of the sorbent
probe      # Name of prob atoms of the sorbate
COUL EWALD  # Typer of interaction to be mapped
0.1       # Grid of spacing, Angstrom
500.0     # High end potential cutoff, KJ/mol
AUTO      # Map filename or AUTO
------ Configuration Initialization -------------------------------------
probe
GCMC NULL
CuBTC_M4
FIXED NULL

(b) probe.mol 内容:
Molecule_Name: probe CHARGED

Coord_Info: Listed Cartesian Rigid
1
1   0.000000   0.000000   0.000000   Patom   1.0   0   0

Molecule_DOF: 3


(c) Patom.atm 内容:

##### Basic Atom Information

Atom_Name: Patom
Atom_Symbol: P
Atom_SS_Charge: 0.0
Atom_SZ_Charge: 0.0
Atom_Mass: 14.0067
Atom_Valency: 0


此处生成的CuBTC的emap命名为:
CuBTC_M4.111.emap

至此, 前期的准备工作, 包括: atm文件, mol文件, pmap文件, emap文件都准备完毕.

[ Last edited by qphll on 2010-11-3 at 14:50 ]
赞一下(1人) 回复此楼
Life, Love, Laugh.
4楼2010-11-03 14:15:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 102 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭