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feiyang1210

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】PCM能量计算求助

请问对于一个化合物的构型优化，我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化，然后在此优化构型基础上做PCM（水溶剂），那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能，这样结果是否准确？请大家各抒己见，并提出宝贵意见，谢谢！
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1楼 2010-11-01 10:11:12
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
feiyang1210(金币+3):谢谢 2010-11-01 14:48:26
可以是可以，不过如果审稿人要求严格的话，这样做PCM单点有时候会被认为偷懒哦。
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惺惺相惜情不自禁
2楼2010-11-01 12:05:03
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yongleli

木虫 (正式写手)
feiyang1210(金币+5):谢谢 2010-11-01 14:48:36
引用回帖:
Originally posted by feiyang1210 at 2010-11-01 10:11:12:
请问对于一个化合物的构型优化，我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化，然后在此优化构型基础上做PCM（水溶剂），那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能，这 ...

为啥不在溶液中再做一个优化呢？
这种方法是多年以前的人们用的，现在的楼主的机器，
应该可以做一下下了吧？毕竟分子在真空中的结构跟溶液中的会有不同。
除非能用其他手段，比如实验，证明溶液中不用再优化了。
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3楼2010-11-01 13:05:48
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feiyang1210

木虫 (正式写手)
[quote]Originally posted by yongleli at 2010-11-01 13:05:48:


为啥不在溶液中再做一个优化呢？
这种方法是多年以前的人们用的，现在的楼主的机器，
应该可以做一下下了吧？毕竟分子在真空中的结构跟溶液中的会有不同。
除非能用其他手段，比如实验，证明溶液中不用再优 ... [/quot




这样感觉计算快一点，但是不知道精确么，呵呵
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4楼2010-11-01 14:49:37
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ykwang

金虫 (正式写手)
feiyang1210(金币+3): 谢谢 2011-04-25 13:28:18
当然是不行的，因为一般而言溶质和溶剂分子之间的作用是构型依赖性的，特别是极性分子在极性溶剂中，其构型变化是很明显的。只有在溶液中重新优化，才能得到合理的结果。
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Nothing_Is_Impossible!
5楼2010-11-01 16:34:44
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gaoyp0114

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by feiyang1210 at 2010-11-01 10:11:12:
请问对于一个化合物的构型优化，我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化，然后在此优化构型基础上做PCM（水溶剂），那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能，这 ...

应该可以，这只是针对溶剂对溶质分子构型的影响不大，你可以对比说明下，进而引用相关文献，有很多文献也是这么用的，称之为separable equilibrium solvation（SES）近似，你看看truhlar的文章中也有提到
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6楼2011-05-30 10:14:35
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