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feiyang1210

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】PCM能量计算求助

请问对于一个化合物的构型优化,我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化,然后在此优化构型基础上做PCM(水溶剂),那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能,这样结果是否准确?请大家各抒己见,并提出宝贵意见,谢谢!
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人

feiyang1210(金币+3):谢谢 2010-11-01 14:48:26
可以是可以,不过如果审稿人要求严格的话,这样做PCM单点有时候会被认为偷懒哦。
惺惺相惜情不自禁
2楼2010-11-01 12:05:03
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yongleli

木虫 (正式写手)

feiyang1210(金币+5):谢谢 2010-11-01 14:48:36
引用回帖:
Originally posted by feiyang1210 at 2010-11-01 10:11:12:
请问对于一个化合物的构型优化,我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化,然后在此优化构型基础上做PCM(水溶剂),那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能,这 ...

为啥不在溶液中再做一个优化呢?
这种方法是多年以前的人们用的,现在的楼主的机器,
应该可以做一下下了吧?毕竟分子在真空中的结构跟溶液中的会有不同。
除非能用其他手段,比如实验,证明溶液中不用再优化了。
3楼2010-11-01 13:05:48
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feiyang1210

木虫 (正式写手)

[quote]Originally posted by yongleli at 2010-11-01 13:05:48:


为啥不在溶液中再做一个优化呢?
这种方法是多年以前的人们用的,现在的楼主的机器,
应该可以做一下下了吧?毕竟分子在真空中的结构跟溶液中的会有不同。
除非能用其他手段,比如实验,证明溶液中不用再优 ... [/quot




这样感觉计算快一点,但是不知道精确么,呵呵
4楼2010-11-01 14:49:37
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ykwang

金虫 (正式写手)

feiyang1210(金币+3): 谢谢 2011-04-25 13:28:18
当然是不行的,因为一般而言溶质和溶剂分子之间的作用是构型依赖性的,特别是极性分子在极性溶剂中,其构型变化是很明显的。只有在溶液中重新优化,才能得到合理的结果。
Nothing_Is_Impossible!
5楼2010-11-01 16:34:44
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gaoyp0114

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by feiyang1210 at 2010-11-01 10:11:12:
请问对于一个化合物的构型优化,我先用B3LYP/6-31+G**在气相中进行几何优化,然后在此优化构型基础上做PCM(水溶剂),那么所得到的总能量Total free energy in solution+气相中热能校正值=液相中吉布斯自由能,这 ...

应该可以,这只是针对溶剂对溶质分子构型的影响不大,你可以对比说明下,进而引用相关文献,有很多文献也是这么用的,称之为separable equilibrium solvation(SES)近似,你看看truhlar的文章中也有提到
6楼2011-05-30 10:14:35
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