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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】计算时间求助
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】计算时间求助

我是初学者，对于Gaussian计算时间没有很好把握。目前算的体系共有194原子，有2个Mg, 具体是C80H88Mg2N12O12。想用tddft做激发态优化，如果全用6-31G*，需要1774个基函数，在8核并行mem=8GB条件下48小时只算了两个构型。如果用混合基组，CNOH用3-21G*, Mg用6-31G*的话，减少到1148基组。问问如果采用后者是否还是需要很长时间？如果再简化，该如何做？

[ Last edited by gzgzgz on 2010-10-30 at 05:15 ]
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1楼 2010-10-26 10:34:24
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
顶一下。

[ Last edited by gzgzgz on 2010-10-30 at 05:14 ]
2楼2010-10-26 13:23:32
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
再顶一下。
3楼2010-10-30 05:15:04
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
gzgzgz(金币+1):谢谢参与
gzgzgz(金币+2):谢谢，是叶绿素。我并不知道tddft优化比cis慢，那我试试用cis先做试试。我目前的研究的只是单线态。 2010-10-30 06:18:48
zhou2009(金币+2): 2010-10-30 08:05:16
这么大，难道你算的是叶绿素吗，tddft貌似是比较慢的，选用小基组应该会快一些。

或者先用CIS优化，再tddft优化。再或者用dft优化三线态，再tddft优化。
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4楼2010-10-30 05:55:06
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
用cis需要的rwf文件超级大。。。scratch放不下，用tddft不指定MaxDisk的话用的空间<12GB，用cis如果不指定MaxDisk，SCF(l502)做完后进入l804立刻挂掉，在scratch生成了个917GB的rwf文件，然后告知空间不够死掉。在指定MaxDisk=16GB后，
(Enter /home/gzgzgz/g09/l804.exe)
Closed-shell transformation, MDV=  1073741824 ITran=3 ISComp=1.
Semi-Direct transformation.
ModeAB=           4 MOrb=           272 LenV=    1051761479
LASXX=  61962553972 LTotXX= 61962553972 LenRXX=124787926828
LTotAB= 62825372856 MaxLAS= 68894510080 LenRXY=           0
NonZer=186750480800 LenScr=374965731840 LnRSAI= 68894510080
LnScr1=138329402880 LExtra=   103531555 Total= 707081103183
MaxDsk=  2147483648 SrtSym=           T ITran=            3
Transformation cannot fit in the specified MaxDisk.
Error termination via Lnk1e in /home/gzgzgz/g09/l804.exe at Fri Oct 29 17:10:31 2010.
Job cpu time:  0 days  2 hours 32 minutes 14.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 952851 Int=      0 D2E=      0 Chk=   1696 Scr=      1
也是空间不够。
为何cis需要如此大的读写空间？
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5楼2010-10-30 08:58:37
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
★
gzgzgz(金币+1):谢谢参与
gzgzgz(金币+2):谢谢，也只能希望得出的几何会差不多了 2010-10-30 10:44:06
dft也算是比较精确的方法了，对于这种方法，叶绿素可以算是超大的分子了。虽然机子的配置是不错的，但是方法所限，需要的时间一定是很长的。对于此，优化的时候可以采用其他方法，相似的低等级方法，然后计算能量。否则需要的时间会很长，也难免遇到死机的问题，虽然chk可以继续，但是还是会比较麻烦，对于你数据的得出也不是很有利。
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6楼2010-10-30 10:36:26
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hexinchem

铁杆木虫 (著名写手)
zhou2009:编辑内容 2010-10-30 15:10
恩，优化的部分应该没有问题，可能时间稍微长。其实也可以开始就用最基本的基组或者方法（当然，精确度可以接受），然后慢慢提高，看其中的变化，也是可行的方式吧。

[ Last edited by zhou2009 on 2010-10-30 at 15:10 ]
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7楼2010-10-30 10:47:49
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ronnie5031

铜虫 (小有名气)
★
gzgzgz(金币+1):谢谢参与
gzgzgz(金币+1):谢谢 2010-10-30 13:43:34
我觉得分子也太大了吧，计算时间很难估计
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8楼2010-10-30 11:06:19
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gzgzgz

铜虫 (小有名气)
还有一个很菜的问题，在手册上看到关于复杂度的表示，比如cis对内存的需求是4O^2N^2，好像数据结构算法里复杂度的表示都是O(N^2)为啥这里的O上面带平方？还是说其实是40^2*N^2 (即1600*N^2， 见G98中文手册)，如果按这个算，我的就算2000个basis function 也不过要6.4GB空间而已。
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9楼2010-10-30 14:28:30
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recoli

金虫 (正式写手)
gzgzgz(金币+5): 2010-10-31 05:10:17
cis计算需要指定direct关键字才不会产生临时文件。cis(direct,...)

优化三线态是因为有时候三线态和单线态的构型接近。所以可以把三线态结构作为单线态结构的初始猜测。
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10楼2010-10-31 04:12:02
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