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带刀猎人

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大家碰到过这种情况吗? 已有4人参与

今天跑的菌落PCR,跑完后竟然发现PCR管中有白色沉淀,电泳后泳道里什么都没有,这是怎么回事?我是将菌体加入到溶菌酶中37度作用40min,之后12000转离心3min,取2.5ul上清作为模板跑的PCR。
25ul PCR体系如下:
2*PCR mix                  12.5ul
溶菌酶消化上清(模板)     2.5ul
上游引物(20uM)            0.5ul  
下游引物(20uM)            0.5ul  
水                                   9ul

电泳结果,Marker旁边的紧挨着的三个空白泳道就是,前面面三个是基因组DNA PCR结果
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 怎么都行 at 2010-10-23 22:23:43:
你的Buffer体系没有问题么?溶菌酶和Taq酶会不会起反应?

我大胆猜测一下,白色沉淀有可能是PCR产物析出,或者是变性的酶。
再者,你的三个空白泳道好像连引物二聚体也没有啊

建议你用TTE缓冲液(Tris,Trit ...

EDTA会不会抑制PCR反应呢?
4楼2010-10-24 12:54:34
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怎么都行

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-24 08:41:06
你的Buffer体系没有问题么?溶菌酶和Taq酶会不会起反应?

我大胆猜测一下,白色沉淀有可能是PCR产物析出,或者是变性的酶。
再者,你的三个空白泳道好像连引物二聚体也没有啊

建议你用TTE缓冲液(Tris,TritonX-100和EDTA)50ul,100摄氏度裂解菌体10min.离心取1ul上清做模板。或者直接挑菌落做模板。

[ Last edited by 怎么都行 on 2010-10-23 at 22:32 ]
2楼2010-10-23 22:23:43
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foryever

木虫 (文坛精英)

假装忧伤的枯木桩


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
直接挑菌落做模版试试吧…
         ♨物是人非事事休,欲语泪先流♨
3楼2010-10-24 00:01:36
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怎么都行

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-24 12:54:34:


EDTA会不会抑制PCR反应呢?

不会,我们一直都是这么做的,效果还可以
5楼2010-10-24 22:43:12
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