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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】大家碰到过这种情况吗？
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带刀猎人

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】大家碰到过这种情况吗？ 已有4人参与

今天跑的菌落PCR，跑完后竟然发现PCR管中有白色沉淀，电泳后泳道里什么都没有，这是怎么回事？我是将菌体加入到溶菌酶中37度作用40min，之后12000转离心3min，取2.5ul上清作为模板跑的PCR。
25ul PCR体系如下：
2*PCR mix                  12.5ul
溶菌酶消化上清（模板）     2.5ul
上游引物（20uM）            0.5ul  
下游引物（20uM）            0.5ul  
水                                   9ul

电泳结果，Marker旁边的紧挨着的三个空白泳道就是，前面面三个是基因组DNA PCR结果
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希娅

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1楼 2010-10-23 20:59:18
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怎么都行

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-10-24 08:41:06
你的Buffer体系没有问题么？溶菌酶和Taq酶会不会起反应？

我大胆猜测一下，白色沉淀有可能是PCR产物析出，或者是变性的酶。
再者，你的三个空白泳道好像连引物二聚体也没有啊

建议你用TTE缓冲液(Tris,TritonX-100和EDTA)50ul，100摄氏度裂解菌体10min.离心取1ul上清做模板。或者直接挑菌落做模板。

[ Last edited by 怎么都行 on 2010-10-23 at 22:32 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-10-23 22:23:43
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foryever

木虫 (文坛精英)

假装忧伤的枯木桩
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
直接挑菌落做模版试试吧…
赞一下(1人) 回复此楼
　　　　　　　　　♨物是人非事事休，欲语泪先流♨
3楼2010-10-24 00:01:36
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带刀猎人

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 怎么都行 at 2010-10-23 22:23:43:
你的Buffer体系没有问题么？溶菌酶和Taq酶会不会起反应？

我大胆猜测一下，白色沉淀有可能是PCR产物析出，或者是变性的酶。
再者，你的三个空白泳道好像连引物二聚体也没有啊

建议你用TTE缓冲液(Tris,Trit ...

EDTA会不会抑制PCR反应呢？
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4楼2010-10-24 12:54:34
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怎么都行

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 带刀猎人 at 2010-10-24 12:54:34:


EDTA会不会抑制PCR反应呢？

不会，我们一直都是这么做的，效果还可以
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-10-24 22:43:12
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希娅

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
我也遇到同样的问题，楼主是如何解决的呀，跪求
赞一下 回复此楼
6楼2013-02-28 10:45:43
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