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ice_rain铁杆木虫 (正式写手)
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【求助】关于vasp进行分子动力学模拟的求助
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我对分子动力学一点也不了解，就想模拟一下氧化表面小分子的动力学行为。（不知道表述清楚不）遇到问题如下 1.POSCAR 中加上Selective dynamics， 除了标记是做动力学模拟之外，是否有固定原子的作用。 2.由于是氧化表面，分子的吸附对表面影响不是很大，如果能固定个别原子，是否能只让吸附分子进行优化。或者让一个top layer也relax 3.关于模拟时间的问题，我没有做过动力学模拟的测试，一般的100多个原子的体系，1000步，动力学要用多少时间（CPU时间）（问题很弱，主要权衡时间和效果，有没有必要进行计算）。关于模拟体系的时间问题，如果是水分子，大约多少ps合适，或者多少步合适。 目前想到这些问题。谢谢大家的帮助。 |
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