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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta的fdf文件的编辑问题
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maomao-666

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】siesta的fdf文件的编辑问题

siesta的fdf文件中先前我做的都是单壁碳纳米管，原子坐标考进去就好了，那么请问各位高手，双壁碳管的坐标怎么编辑在fdf怎么见中啊，急求，请各位指教。

[ Last edited by maomao-666 on 2010-10-22 at 08:50 ]
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1楼 2010-10-21 20:53:01
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★
zxzj05(金币+1):奖励交流！！ 2010-10-22 15:01:18
引用回帖:
Originally posted by maomao-666 at 2010-10-21 13:53:01:
siesta的fdf文件中先前我做的都是单壁碳纳米管，原子坐标考进去就好了，那么请问各位高手，双壁碳管的坐标怎么编辑在fdf怎么见中啊，急求，请各位指教。

不是很明白你的意思是什么。应该和单壁的一样的。
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弘德明志博学笃行
2楼2010-10-21 21:42:22
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maomao-666

木虫 (小有名气)
双壁管子不是建模之后倒出来的坐标是由俩部分组成吗，一部分是内层管子坐标，一部分是外层管子坐标，这俩组坐标怎么放到siesta的fdf文件中进行编辑啊？是直接俩部分坐标都copy进去吗？
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3楼2010-10-22 08:47:45
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zxzj05(金币+3):奖励交流！！ 2010-10-22 15:01:30
maomao-666(金币+5): 2010-10-22 21:33:39
引用回帖:
Originally posted by maomao-666 at 2010-10-22 01:47:45:
双壁管子不是建模之后倒出来的坐标是由俩部分组成吗，一部分是内层管子坐标，一部分是外层管子坐标，这俩组坐标怎么放到siesta的fdf文件中进行编辑啊？是直接俩部分坐标都copy进去吗？

是的。直接放进去就行。不分先后顺序。但是如果你要对边界限制或者修饰的话，你自己要知道哪些是边界原子就行。你可以在你的fdf中加入这么一个项目：WriteCoorXmol             T,在任务结束的时候就会产生一个*.xyz文件,这个文件很多软件都能直接看的。http://www.geocities.jp/kmo_mma/crystal/en/vesta.html
这个网站上的VESTA可以看。并且免安装你看一下程序读进去的结构是不是你要的。（为了快，MD.NumCGsteps
0， MaxSCFIterations  1只进行一个电子结构自洽就完成任务）

[ Last edited by zhangguangping on 2010-10-22 at 02:28 ]
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弘德明志博学笃行
4楼2010-10-22 09:24:06
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maomao-666

木虫 (小有名气)
非常感谢！
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5楼2010-10-22 21:34:31
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ifmc1234

木虫 (著名写手)
★ ★
ym23(金币+2):非常感谢答复 2010-10-25 21:01:27
引用回帖:
Originally posted by maomao-666 at 2010-10-22 08:47:45:
双壁管子不是建模之后倒出来的坐标是由俩部分组成吗，一部分是内层管子坐标，一部分是外层管子坐标，这俩组坐标怎么放到siesta的fdf文件中进行编辑啊？是直接俩部分坐标都copy进去吗？

坐标是不分先后的，所以直接拷进去就行。程序会根据坐标而构建模型。有点不是很明白你的说的编辑？先编辑什么？

其中一个注意问题是一维的cnt的周期性选取问题。假如你选取的是同一种charity，比如cnt(10,10)@cnt(5,5),它们的周期性是一致的，但是比如是cnt(10,10)@cnt(5,0)那就不一样了。

cnt的生成程序可以在网上在线生成。google一下就可以了（carbon nanotube generate）。
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6楼2010-10-25 18:06:44
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