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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】知道这些数据之后如何在MS中建模？
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cuimingshan

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】知道这些数据之后如何在MS中建模？ 已有3人参与

*data for   ICSD #66559
Coll Code   66559
Rec  Date   1994/01/19
Chem Name   Aluminium Oxide (2.1/3.2) - Gamma
Structured  Al2.144 O3.2
Sum         Al2.144 O3.2
ANX         A21X32
D(calc)     3.66
Title       Structures and transformation mechanisms of the eta, gamma and theta
            transition aluminas
Author(s)   Zhou, R.-S.;Snyder, R.L.
Reference   Acta Crystallographica B (39,1983-)
            (1991), 47, 617-630
Unit Cell   7.911(2) 7.911(2) 7.911(2) 90. 90. 90.
Vol         495.1
Z           10
Space Group F d -3 m Z
SG Number   227
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF53
Wyckoff     e2 d a
R Value     .076
Red Cell    F  5.593 5.593 5.593 60 60 60 123.775
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Total SOF on at least one site differs from unity (SOF  1.003)
            Neutron diffraction (powder)
            Rietveld profile refinement applied
            Deviation of the charge sum from zero tolerable.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
O    1  -2    32 e  0.2547(5)   0.2547(5)   0.2547(5)      1.         0              1.
Al   1  +3    16 d  0.5         0.5         0.5            0.58(1)    0             0.5
Al   2  +3    8 a   0.125       0.125       0.125          0.84(2)    0             0.5
Al   3  +3    32 e  0.0272(24)  0.0272(24)  0.0272(24)     0.17(2)    0             0.5
*end for    ICSD #6655
我是这样做的  build/crystals/build crystal  对话框中space group下的enter group选择F d -3 m  ，在add atoms后模型完全不是文献中的样子，请问如何解决？
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不逼自己一把不知道自己多么优秀！
1楼 2010-10-14 18:10:03
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cash_ms

木虫 (正式写手)
cuimingshan(金币+1): 2010-10-15 08:13:59
引用回帖:
Originally posted by cuimingshan at 2010-10-14 18:10:03:
*data for   ICSD #66559
Coll Code   66559
Rec  Date   1994/01/19
Chem Name   Aluminium Oxide (2.1/3.2) - Gamma
Structured  Al2.144 O3.2
Sum         Al2.144 O3.2
ANX         A21X32
D(calc)    ...

你的建模方法没有问题
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2楼2010-10-14 18:52:31
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-10-14 19:49:17
cuimingshan(金币+1): 2010-10-15 08:14:09
Al格位出现分数占据
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3楼2010-10-14 19:00:48
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cuimingshan

金虫 (小有名气)

求助

引用回帖:
Originally posted by cuimingshan at 2010-10-14 18:10:03:
*data for   ICSD #66559
Coll Code   66559
Rec  Date   1994/01/19
Chem Name   Aluminium Oxide (2.1/3.2) - Gamma
Structured  Al2.144 O3.2
Sum         Al2.144 O3.2
ANX         A21X32
D(calc)    ...

但是我建模怎么就不成功呢？关键是lattice parameters里面的限制,我没办法设置angels和lengths 怎么办？
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4楼2010-10-14 20:44:38
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cuimingshan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cash_ms at 2010-10-14 18:52:31:

你的建模方法没有问题

为什么我最后的模型不是文献中的这样呢
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不逼自己一把不知道自己多么优秀！
5楼2010-10-14 21:24:08
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css8170

木虫 (正式写手)
文献里给出的是约化胞（reduced cell）吧。
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6楼2010-10-14 22:36:01
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cuimingshan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cuimingshan at 2010-10-14 21:24:08:

为什么我最后的模型不是文献中的这样呢

能给出这个gamma-al2o3建模的具体步骤吗？
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不逼自己一把不知道自己多么优秀！
7楼2010-10-15 08:16:45
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cuimingshan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by css8170 at 2010-10-14 22:36:01:
文献里给出的是约化胞（reduced cell）吧。

能给出gamma-al2o3建模的具体步骤吗?
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8楼2010-10-15 08:18:33
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css8170

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-02-20 15:10:12
你给的O原子位置有问题,两个O原子距离太近.
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-10-15 08:34:17
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cuimingshan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by css8170 at 2010-10-15 08:34:17:
你给的O原子位置有问题,两个O原子距离太近.

*data for   ICSD #99836
Coll Code   99836
Rec  Date   2005/04/01
Chem Name   Aluminium Oxide (2.667/4) - Gamma
Structured  (Al2 O3)1.333
Sum         Al2.666 O3.999
ANX         A11X16
Min Name    Alumina gamma
D(calc)     3.59
Title       Tetragonal structure model for boehmite-derived gamma-alumina
Author(s)   Paglia, G.; Buckley, C.E.; Rohl, A.L.; Hunter, B.A.; Hart, R.D.;
            Hanna, J.V.; Byrne, L.T.
Reference   Physical Review, Serie 3. B - Condensed Matter (18,1978-)
            (2003), 68, 144110-1-144110-11
Unit Cell   5.652(1) 5.652(1) 7.871(5) 90 90 90
Vol         251.44
Z           4
Space Group I 41/a m d Z
SG Number   141
Cryst Sys   tetragonal
Pearson     tI27
Wyckoff     h d c a
R Value     .0099
Red Cell    I  5.608 5.608 5.608 90.882 119.491 119.491 125.72
Trans Red   0.500 0.500 -0.500 / -0.500 0.500 0.500 / 0.500 -0.500 0.500
Comments    Total SOF on at least one site differs from unity (SOF <
            0.997 resp. SOF > 1.003)
            Compound with mineral name: Alumina gamma
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-074-4629
            X-ray diffraction from single crystal
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H        ITF(B)   
O    1  -2    16 h  0.          0.0076(30)  0.2516(40)     1.         0          1.4(3)
Al   1  +3    4 a   0.          0.750       0.125          0.78(2)    0          2.2(3)
Al   2  +3    8 c   0.          0.          0.             0.36(1)    0          2.3(3)
Al   3  +3    8 d   0.          0.          0.5            0.58(1)    0          2.3(3)
*end for    ICSD #99836
这组数据呢？
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10楼2010-10-15 09:12:18
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