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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】知道这些数据之后如何在MS中建模？
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qli0218

木虫 (小有名气)
★
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我按这个建模的时候加入氧原子给出错误提示
Chosen position is within the specified tolerance

(1.0?) of a symmetry copy of itself.



Do you wish to continue adding an atom at this position?

加入的氧原子有的都要重合到一起了，怎么回事啊？
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11楼2011-02-20 13:35:17
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qli0218

木虫 (小有名气)
★
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*data for   ICSD #95302
Coll Code   95302
Rec  Date   2003/10/01
Chem Name   Aluminium Oxide (2.67/4) - Gamma
Structured  (Al2 O3)1.333
Sum         Al2.666 O3.999
ANX         A21X32
Min Name    Alumina
D(calc)     3.68
Title       Theoretical structure determination of gamma-(Al2 O3)
Author(s)   Gutierrez, G.;Taga, A.;Johansson, B.
Reference   Physical Review, Serie 3. B - Condensed Matter (18,1978-)
            (2001), 65, 0121011-0121014
Unit Cell   7.887 7.887 7.887 90 90 90
Vol         490.61
Z           8
Space Group F d -3 m Z
SG Number   227
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF53
Wyckoff     e d a
Red Cell    F  5.576 5.576 5.576 60 60 60 122.652
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Total SOF on at least one site differs from unity (SOF  1.003)
            Compound with mineral name: Alumina
            Modulated structure
            Structure calculated theoretically
            Structure type : defect-spinel
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Al   1  +3    8 a   0.125       0.125       0.125          1.         0   
Al   2  +3    16 d  0.5         0.5         0.5            0.8333     0   
O    1  -2    32 e  0.255       0.255       0.255          1.         0   
*end for    ICSD #95302

这个是什么？和上面的ICSD #99836有什么不一样啊，我还找到了一个：

*data for   ICSD #30267
Coll Code   30267
Rec  Date   1980/01/01
Chem Name   Aluminium Oxide - Gamma
Structured  (Al2 O3)1.333
Sum         Al2.666 O3.999
ANX         A3X4
D(calc)     3.66
Title       The Structure of the electrolytical Oxide Layer on Aluminium
Author(s)   Verwey, E.J.W.
Reference   Zeitschrift fuer Kristallographie, Kristallgeometrie, Kristallphysik, Kristallchemie (-144,1977)
            (1935), 91, 317-320
Unit Cell   3.95 3.95 3.95 90. 90. 90.
Vol         61.63
Z           1
Space Group F m -3 m
SG Number   225
Cryst Sys   cubic
Pearson     cF7
Wyckoff     c b a
Red Cell    F  2.793 2.793 2.793 60 60 60 15.407
Trans Red   0.500 0.500 0.000 / 0.000 0.500 0.500 / 0.500 0.000 0.500
Comments    Total SOF on at least one site differs from unity (SOF  1.003)
            No R value given in the paper.
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
O    1  -2    4 a   0           0           0              1.         0   
Al   1  +3    4 b   0.5         0.5         0.5            0.4665     0   
Al   2  +3    8 c   0.25        0.25        0.25           0.0999     0   
*end for    ICSD #30267

究竟用哪个对啊，做Al2O3表面吸附反应用哪个建模啊？

请教高人
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12楼2011-02-20 13:41:35
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cuimingshan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by qli0218 at 2011-02-20 05:41:35:
*data for   ICSD #95302
Coll Code   95302
Rec  Date   2003/10/01
Chem Name   Aluminium Oxide (2.67/4) - Gamma
Structured  (Al2 O3)1.333
Sum         Al2.666 O3.999
ANX         A21X32
Min Nam ...

文献中关于gamma-al2o3主要有两种模型，一种是尖晶石，一种是非尖晶石。现在关于此模型没有统一的看法，争论很大。我也无从下手啊
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不逼自己一把不知道自己多么优秀！
13楼2011-02-20 14:24:20
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qli0218

木虫 (小有名气)

迷糊了……

★
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我在文献中还看到一个模型，这个建立出来了，不知道和前面的模型有没有关系

Table 1
Crystallographic structure of bulk γ -alumina, according to Ref. [25]
Space group P21/m
a (?) 5.587
b (?) 8.413
c (?) 8.068
β (?) 90.59
Atom Position (x,y, z)
Al 2e (0.377, 3/4, 0.126)
Al 2e (0.868, 1/4, 0.498)
Al 2e (0.875, 3/4, 0.125)
Al 2e (0.615, 3/4, 0.745)
Al 4f (0.367, 0.075, 0.612)
Al 4f (0.116, 0.579, 0.862)
O 2e (0.881, 3/4, 0.874)
O 2e (0.614, 1/4, 0.640)
O 2e (0.364, 3/4, 0.889)
O 2e (0.132, 1/4, 0.627)
O 4f (0.889, 0.406, 0.899)
O 4f (0.605, 0.917, 0.614)
O 4f (0.357, 0.406, 0.853)
O 4f (0.138, 0.916, 0.637)

[25] X. Krokidis, P. Raybaud, A.-E. Gobichon, B. Rebours, P. Euzen, H.
Toulhoat, J. Phys. Chem. B 105 (2001) 5121.

这个结构我实在Journal of Catalysis 226 (2004) 54–68上看到的，但是建好了却和文献上有所不同。
而且ICSD #95302结构和ICSD #99836结构的氧原子位置都有问题，都是重叠到一起了，真不知道怎么弄了……
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14楼2011-02-20 14:49:04
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