| 查看: 3193 | 回复: 10 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
xk6891至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
【讨论】关于md中系统稳定的问题 已有3人参与
|
||
|
小虫初涉md，问一个弱弱的问题 作完结构优化之后，看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中（是不是准确的应该说是在一定的系综下）跑一会儿，意思是说希望系统能在这个环境中稳定，如何判断系统在这个环境中是否达到了稳定？稳定之后，在做以下的性质计算时，是否还需要这个系综（譬如Nose Hoover热浴）的关键词？ 急盼各位高手拍砖，谢谢  |
回复此楼» 猜你喜欢
0817 化学工程 299分求调剂 有科研经历 有二区文章
已经有17人回复
-
一志愿武汉理工材料工程专硕调剂
已经有5人回复
-
0856调剂，是学校就去
已经有7人回复
-
申博26年
已经有3人回复
-
一志愿吉林大学材料学硕321求调剂
已经有10人回复
-
0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历
已经有12人回复
-
294求调剂材料与化工专硕
已经有13人回复
-
288求调剂
已经有14人回复
-
307求调剂
已经有8人回复
-
一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 利用siesta做verlet MD时出现问题siesta: WARNING: Atoms
已经有3人回复
- 【求助】关于玻尔兹曼公式
已经有29人回复
manutdhk
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 5939.4
- 散金: 70
- 红花: 5
- 帖子: 94
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 983544
- 注册: 2010-03-27
- 专业: 核技术及其应用
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5):谢谢 2010-10-14 10:24:04
lei0736(模拟EPI+1):呵呵 欢迎您的指点 2010-10-14 10:24:52
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+5):谢谢 2010-10-14 10:24:04
lei0736(模拟EPI+1):呵呵 欢迎您的指点 2010-10-14 10:24:52
|
不敢当前辈，看到这词，如坐针毡啊。大家一起交流，以版友相称就好了。。 模拟退火，我不是很熟。但是退火的意思，就是将体系从高温，一下子降到某个低温。这是一种找极小值的最简单的方法而已。 各态历经的假说，你理解错了。1. 相空间里的状态点，是指系统的状态，跟粒子数没有关系。2. 各态历经，是指 在相当长的时间里，系统总能历经 相空间里的 各种可能达到的 状态点。 原子的自由度，是指描述一个微观系统需要的物理量。譬如在相空间，我们需要 6N 个自由度，3N个坐标和3N个速度（或者动量），来描述体系的状态点。也可以用体系的能量作为自变量……等等。具体的宏观量，一个典型的就是温度；按照经典统计来说，系统的温度与原子的平均动能相对应。平均动能，就是原子自由度的一部分（动量或速度）。再譬如，压强，其微观对应比较复杂，但也只是包含了，原子的坐标，速度，和相互作用力而已，都是原子的自由度。 关于这些问题，我觉得你还需要看一些书，北大版的《热力学与统计物理学》（林宗涵 著）， J. M. Haile 的 《Molecular dynamics simulation——elementary methods》就是不错的。 |
9楼2010-10-14 09:31:00
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
不好意思，自己顶一下 2楼2010-10-13 13:12:04
manutdhk
木虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 5939.4
- 散金: 70
- 红花: 5
- 帖子: 94
- 在线: 97.3小时
- 虫号: 983544
- 注册: 2010-03-27
- 专业: 核技术及其应用
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
|
首先，不知道你要做什么性质的计算，平衡态还是非平衡态？ 如果是平衡态的计算，所谓的稳定，确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统，平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下，系统的温度与 热浴温度一致，能量在一定平衡值附近振荡……等等。 至于计算平衡态性质，是否需要继续保持该系综，理论上来说 其实问题不大。根据统计物理学原理，NVE系综和NVT系综，在热力学极限下，得到的结果是相一致的。 |
3楼2010-10-13 15:36:56
xk6891
至尊木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 13735.8
- 散金: 379
- 红花: 9
- 帖子: 1514
- 在线: 546小时
- 虫号: 890342
- 注册: 2009-11-01
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):鼓励交流 2010-10-13 18:59:19
zh1987hs(金币+3):鼓励交流 2010-10-13 18:59:19
|
先谢谢指导，呵呵，提的问题太不专业了。是平衡态，这一点应该说明。可以这样说么，譬如NVT系综，md结果当中ions的温度和electrons的动能应该在nose hoover设定的温度和动能值附近震荡，且粒子数目和所计算系统体积（晶胞大小）不变，这就可以说这个系统符合了NVT的系综，这个系统就稳定了。而如果是NPT系综就看输出文件中系统的压力和温度值的变化，如果其在设定值周围震荡，就可以说系统平衡了。 同时由于系统已经平衡了，可以认为系统已经满足了热力学极限的条件，此时在什么系综下已经不重要了，因为各个系综的情况已经相同。按照在某一系综下稳定的系统，再计算性质，加不加关键词以不重要。 不知这样理解是否正确？还请赐教  |
4楼2010-10-13 18:40:35
