应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【讨论】关于md中系统稳定的问题
51/1返回列表
查看: 2989  |  回复: 10
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】关于md中系统稳定的问题已有3人参与

小虫初涉md，问一个弱弱的问题
作完结构优化之后，看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中（是不是准确的应该说是在一定的系综下）跑一会儿，意思是说希望系统能在这个环境中稳定，如何判断系统在这个环境中是否达到了稳定？稳定之后，在做以下的性质计算时，是否还需要这个系综（譬如Nose Hoover热浴）的关键词？
急盼各位高手拍砖，谢谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
1楼2010-10-12 15:51:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manutdhk

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2010-10-12 15:51:15:
小虫初涉md，问一个弱弱的问题
作完结构优化之后，看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中（是不是准确的应该说是在一定的系综下）跑一会儿，意思是说希望系统能在这个环境中稳定，如何判断系统在这个环境中是 ...

首先，不知道你要做什么性质的计算，平衡态还是非平衡态？
如果是平衡态的计算，所谓的稳定，确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统，平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下，系统的温度与 热浴温度一致，能量在一定平衡值附近振荡……等等。

至于计算平衡态性质，是否需要继续保持该系综，理论上来说 其实问题不大。根据统计物理学原理，NVE系综和NVT系综，在热力学极限下，得到的结果是相一致的。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-10-13 15:36:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
不好意思，自己顶一下
回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
2楼2010-10-13 13:12:04
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xk6891

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):鼓励交流 2010-10-13 18:59:19
引用回帖:
Originally posted by manutdhk at 2010-10-13 15:36:56:


首先，不知道你要做什么性质的计算，平衡态还是非平衡态？
如果是平衡态的计算，所谓的稳定，确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统，平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下，系统的温度与 热浴 ...

先谢谢指导，呵呵，提的问题太不专业了。是平衡态，这一点应该说明。可以这样说么，譬如NVT系综，md结果当中ions的温度和electrons的动能应该在nose hoover设定的温度和动能值附近震荡，且粒子数目和所计算系统体积（晶胞大小）不变，这就可以说这个系统符合了NVT的系综，这个系统就稳定了。而如果是NPT系综就看输出文件中系统的压力和温度值的变化，如果其在设定值周围震荡，就可以说系统平衡了。
同时由于系统已经平衡了，可以认为系统已经满足了热力学极限的条件，此时在什么系综下已经不重要了，因为各个系综的情况已经相同。按照在某一系综下稳定的系统，再计算性质，加不加关键词以不重要。
不知这样理解是否正确？还请赐教
赞一下(1人) 回复此楼
人生自古多险阻，勤者自得天酬助。试问否泰何所依，枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步，振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧，他日振臂揽苍穹。
4楼2010-10-13 18:40:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manutdhk

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+4):谢谢 2010-10-13 18:59:32
xk6891(金币+5):再次感谢 2010-10-13 22:49:12
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2010-10-13 18:40:35:

先谢谢指导，呵呵，提的问题太不专业了。是平衡态，这一点应该说明。可以这样说么，譬如NVT系综，md结果当中ions的温度和electrons的动能应该在nose hoover设定的温度和动能值附近震荡，且粒子数目和所计算系统 ...

对，大体是这样的。
有点小错误：NVT系综，要看 压强随时间的振荡； NPT系综，要看体积随时间的振荡。

我上个帖子提到的 热力学平衡的判据 只是理论上的。

在MD 过程中，很难跟踪整个体系是不是处于 吉布斯分布。而温度，能量的判据是常用的。因为温度或者能量，原本就是吉布斯分布中的参数，或者说是 可观测量，或者说是 一阶矩。更细致一点的，可能还有 二阶矩，譬如 能量的振荡幅度，对应的是比热之类的物理量。
以上这些判据，我个人认为，实质上就是将 吉布斯分布做一个泰勒式的展开 的函数逼近。 一阶矩对应这个展开的零阶项，二阶矩对应的是二阶项……等等。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-10-13 18:53:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭