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xk6891至尊木虫 (著名写手)
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【讨论】关于md中系统稳定的问题已有3人参与
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小虫初涉md，问一个弱弱的问题 作完结构优化之后，看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中（是不是准确的应该说是在一定的系综下）跑一会儿，意思是说希望系统能在这个环境中稳定，如何判断系统在这个环境中是否达到了稳定？稳定之后，在做以下的性质计算时，是否还需要这个系综（譬如Nose Hoover热浴）的关键词？ 急盼各位高手拍砖，谢谢  |
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xk6891
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前辈，模拟退火就是为了防止原子陷入局部极小化而进一步降低其能量的一种方法吧。那是不是所有的系统做完几何优化之后，都还需要再进行模拟退火的操作呢？ 哦，明白各态历经的大概意思了，这个理论企图用少量个体(原子，分子)的力学规律来等同于大系统(同种原子，分子)的统计规律，就是说少量个体的某个物理量的时间平均值等于这个物理量在某一系综下所有状态的平均值。但是统计规律无法等同力学规律，少量个体在模拟的一定时间内也无法跑完所有的状态，所以准各态历经的说法也有可疑之处，更别说各态历经了。 那前辈提到“微观体系（也就是原子的自由度）”看这个原子自由度很多说明书中都提及，不理解它在计算中指的是一个物理量还是什么东西？ |
8楼2010-10-14 00:33:37
xk6891
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不好意思，自己顶一下2楼2010-10-13 13:12:04
manutdhk
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
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首先，不知道你要做什么性质的计算，平衡态还是非平衡态？ 如果是平衡态的计算，所谓的稳定，确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统，平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下，系统的温度与 热浴温度一致，能量在一定平衡值附近振荡……等等。 至于计算平衡态性质，是否需要继续保持该系综，理论上来说 其实问题不大。根据统计物理学原理，NVE系综和NVT系综，在热力学极限下，得到的结果是相一致的。 |
3楼2010-10-13 15:36:56
xk6891
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zh1987hs(金币+3):鼓励交流 2010-10-13 18:59:19
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先谢谢指导，呵呵，提的问题太不专业了。是平衡态，这一点应该说明。可以这样说么，譬如NVT系综，md结果当中ions的温度和electrons的动能应该在nose hoover设定的温度和动能值附近震荡，且粒子数目和所计算系统体积（晶胞大小）不变，这就可以说这个系统符合了NVT的系综，这个系统就稳定了。而如果是NPT系综就看输出文件中系统的压力和温度值的变化，如果其在设定值周围震荡，就可以说系统平衡了。 同时由于系统已经平衡了，可以认为系统已经满足了热力学极限的条件，此时在什么系综下已经不重要了，因为各个系综的情况已经相同。按照在某一系综下稳定的系统，再计算性质，加不加关键词以不重要。 不知这样理解是否正确？还请赐教  |
4楼2010-10-13 18:40:35