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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】关于md中系统稳定的问题 已有3人参与

小虫初涉md,问一个弱弱的问题
作完结构优化之后,看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中(是不是准确的应该说是在一定的系综下)跑一会儿,意思是说希望系统能在这个环境中稳定,如何判断系统在这个环境中是否达到了稳定?稳定之后,在做以下的性质计算时,是否还需要这个系综(譬如Nose Hoover热浴)的关键词?
急盼各位高手拍砖,谢谢
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人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by manutdhk at 2010-10-13 18:53:22:


对,大体是这样的。
有点小错误:NVT系综,要看 压强随时间的振荡; NPT系综,要看体积随时间的振荡。

我上个帖子提到的 热力学平衡的判据 只是理论上的。

在MD 过程中,很难跟踪整个体系是不是处于 吉 ...

系统跑md的过程就是一个各态历经的过程?
热统的知识忘的太多了,还要补起来,我自己这两天再看看。
再次谢谢前辈指教,感激不尽。学到很多知识。
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
6楼2010-10-13 22:48:18
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

不好意思,自己顶一下
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
2楼2010-10-13 13:12:04
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manutdhk

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-10-13 17:02:14
xk6891(金币+5): 2010-10-13 18:18:06
引用回帖:
Originally posted by xk6891 at 2010-10-12 15:51:15:
小虫初涉md,问一个弱弱的问题
作完结构优化之后,看很多网上的资料都要求系统在热浴的环境中(是不是准确的应该说是在一定的系综下)跑一会儿,意思是说希望系统能在这个环境中稳定,如何判断系统在这个环境中是 ...

首先,不知道你要做什么性质的计算,平衡态还是非平衡态?
如果是平衡态的计算,所谓的稳定,确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统,平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下,系统的温度与 热浴温度一致,能量在一定平衡值附近振荡……等等。

至于计算平衡态性质,是否需要继续保持该系综,理论上来说 其实问题不大。根据统计物理学原理,NVE系综和NVT系综,在热力学极限下,得到的结果是相一致的。
3楼2010-10-13 15:36:56
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xk6891

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★
zh1987hs(金币+3):鼓励交流 2010-10-13 18:59:19
引用回帖:
Originally posted by manutdhk at 2010-10-13 15:36:56:


首先,不知道你要做什么性质的计算,平衡态还是非平衡态?
如果是平衡态的计算,所谓的稳定,确切地说应该是 热力学平衡。对于一个热力学系统,平衡是指 系统达到 吉布斯分布。NVT系综下,系统的温度与 热浴 ...

先谢谢指导,呵呵,提的问题太不专业了。是平衡态,这一点应该说明。可以这样说么,譬如NVT系综,md结果当中ions的温度和electrons的动能应该在nose hoover设定的温度和动能值附近震荡,且粒子数目和所计算系统体积(晶胞大小)不变,这就可以说这个系统符合了NVT的系综,这个系统就稳定了。而如果是NPT系综就看输出文件中系统的压力和温度值的变化,如果其在设定值周围震荡,就可以说系统平衡了。
同时由于系统已经平衡了,可以认为系统已经满足了热力学极限的条件,此时在什么系综下已经不重要了,因为各个系综的情况已经相同。按照在某一系综下稳定的系统,再计算性质,加不加关键词以不重要。
不知这样理解是否正确?还请赐教
人生自古多险阻,勤者自得天酬助。试问否泰何所依,枯藤老枝待新抽。临渊踌躇终迈步,振翅鹏起云霄冲。似是前程甚堪忧,他日振臂揽苍穹。
4楼2010-10-13 18:40:35
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