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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

[交流] 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已有19人参与

本贴应ghcacj 版主邀请建立
讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟
讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究

本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务
本贴中不及时的回复请见谅

[ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ]



[ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ]



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1楼2010-10-12 09:22:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+6):谢谢，这是诊费。 2010-10-17 10:44:54
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-17 08:55:58:
请问一下bay兄，namd能够构建纳米材料，如分子筛的孔道中负载酶的模型不？我觉得常规的想法是：
1.构建分子筛的结构
2.构建酶的结构
3.将酶的结构置入分子筛内
那么，如果我在分子筛内修饰某些基团，利用这些 ...

所有MD 软件的原理都是一样的, 只要有体系结构和力场就能模拟
而另一方面, 每个MD 软件都有其专注的范围
就象NAMD 主要用于生化体系,如蛋白核酸等
对于那个分子筛可能不是NAMD 的强项, 需要费些力气才能做出来
见过有人做过氧化硅,氮化硅之类的体系,我自己没有做过
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-10-17 09:47:36
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
作为版主和活动发起人，我代表大家进来支持一下，后面这样的纯支持就不要发了，不然扣BB
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-12 10:11:03
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jhonsmith001

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):欢迎参与 2010-10-15 14:34:41
问一下专家大哥如何对轨迹文件取平均构象的，我用desmond做的，可以用vmd分析的，该用什么软件做呢 ？谢谢~\(≧▽≦)/~啦啦啦。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-10-15 14:18:06
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
引用回帖:
Originally posted by jhonsmith001 at 2010-10-15 14:18:06:
问一下专家大哥如何对轨迹文件取平均构象的，我用desmond做的，可以用vmd分析的，该用什么软件做呢 ？谢谢~\(≧▽≦)/~啦啦啦。

首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的
该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见
http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/)

至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧
一个容易想到的方法是
对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现
g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法
但该方法 is unphysical and difficult to interpret
如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些
也就是基于内坐标的平均
算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-10-15 15:26:55
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