| 查看: 5214 | 回复: 50 | ||||||
| 本帖产生 4 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
bay__gulf金虫 (著名写手)
刘苏州
|
[交流]
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道 已有19人参与
|
|||||
|
本贴应ghcacj 版主邀请建立 讨论namd/vmd,gmx等软件处理水溶液,蛋白,磷脂等生化体系的模型构建及MD 模拟 讨论水在纳米通道,如AQPs,CNT,PNT,GA等,中结构及传输的理论及模拟研究 本学年面临毕业及升学,可能抽不出很多时间处理论坛的事务 本贴中不及时的回复请见谅 [ Last edited by ghcacj on 2010-10-12 at 10:10 ] [ Last edited by bay__gulf on 2010-11-25 at 13:01 ] [ Last edited by bay__gulf on 2011-2-6 at 08:45 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理 | 爱笑的女孩子受神眷顾 | gromacs |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
ruthxu» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有13人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有7人回复
-
今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果
已经有20人回复
-
科研孤儿太难了
已经有18人回复
-
看来今天不会放榜了？
已经有11人回复
-
时间戳又变了
已经有19人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有14人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有13人回复
-
人气不行了
已经有7人回复
-
感觉是下周放榜了
已经有12人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 周末编辑不处理稿件吗？
已经有16人回复
- 晶体解析是无机物的晶体还是蛋白晶体？
已经有7人回复
- 如何喷施聚丙烯酰胺水溶液
已经有6人回复
- 怎样保存大肠杆菌发酵的蛋白酶
已经有2人回复
- 从心理学角度看机器人要具备智慧的关键几步
已经有3人回复
- 三次采油用表面活性剂，采油后去哪里了，有后处理吗
已经有5人回复
- 为什么合金在固溶处理过程中，表层的第二相的消失比样品内部要来得快？
已经有5人回复
- 乳清蛋白和麦芽糊精做微胶囊壁材包埋油脂有缓释作用吗？
已经有6人回复
- 关于壁面边界层网格划分问题
已经有12人回复
- 纯化出的蛋白没有活性，求教！
已经有14人回复
- 关于蛋白数据库的一点疑问
已经有4人回复
- 重新画网格 说没有reference point
已经有4人回复
- 如何通过matlab把文件夹中的部分文件拷贝到另一个文件夹中?
已经有4人回复
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
9楼2010-10-17 09:47:36
ghcacj
荣誉版主 (著名写手)
阿超
- 模拟EPI: 16
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 2.764
- 金币: 2543.5
- 散金: 8899
- 红花: 35
- 沙发: 3
- 帖子: 1376
- 在线: 1199小时
- 虫号: 513281
- 注册: 2008-02-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2010-10-12 10:11:03
jhonsmith001
金虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 1088.9
- 散金: 72
- 红花: 2
- 帖子: 224
- 在线: 234.6小时
- 虫号: 542013
- 注册: 2008-04-08
- 专业: 合成药物化学
3楼2010-10-15 14:18:06
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
lei0736(金币+6):谢谢 2010-10-15 15:48:24
|
首先保证轨迹中只有1个cluster, 多个cluster 间的平均是没有意义的 该步可使用gmx 的g_cluster 或vmd 的cluster plugin (自己安装,见 http://physiology.med.cornell.ed ... mdplugins/cluster/) 至于如果求平均构象, 这个看所谓"平均构象"的定义吧 一个容易想到的方法是 对各个原子的xyz逐frame 求平均,这个比较简单在vmd 中很容易实现 g_cluster 也可以直接做, 好像也是这个方法 但该方法 is unphysical and difficult to interpret 如果得到一个结构, 它的bonding informations, 主要是二面角是轨迹各个frame 要好些 也就是基于内坐标的平均 算法较复杂, 或许有一些数学上的工具可以直接处理, 这个我就不知道了 |
4楼2010-10-15 15:26:55
40