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huakai8710

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ms中也搜寻过渡态,那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗? 已有4人参与

ms中也搜寻过渡态,那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗?
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wxb711320

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1):感谢交流! 2010-10-03 08:23:54
请问楼上,dmol3能算过渡态吗,貌似不能吧!我不太清楚,反正DS也是dmol3
,人家告诉我不能算过渡态!
3楼2010-10-01 21:37:17
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huakai8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38:
可以的,dmol3

我用dmol3算了一个-COOH....N=C-间的过渡态,用粗略的方法,他搜索不到过渡态便罢了,但是他最后的构型是把H逼到N里面去了,就是H和N重叠了。请问是我的初始和最终构型不对,还是我用的这两个分子没有过渡态,还是怎么回事哦?
O(∩_∩)O谢谢
4楼2010-10-03 10:28:07
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huakai8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38:
可以的,dmol3

请问你晓得用ms中的DMOL3怎么算频率吗?

我把输出的.xsd文件转为.mol输入文件,然后用DMOL3的TS optimization优化,它就出现下面的警示窗口:

In order to perform this calculation, a Hessian matrix must be present in the model.
A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.
Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.
Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected.

请问这是怎么回事?
该怎么办?
谢谢~
5楼2010-10-06 19:36:03
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zh11111

银虫 (正式写手)

---

引用回帖:
2楼: Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38
可以的,dmol3

您好我想请教一下:我研究的是一个A+B生成AB的反应,A分子掺进B结构中同时改变B原有的结构。要研究过渡态就要确定初始与最终的结构。现A,B,AB的初始结构都已优化,接下来要做的就是将A分子放到B结构中优化,使得与最终结构AB对应。那么问题是,比如初始状态的B结构是四方相7 4 15,最终结构是四方相8  8 13,那我该怎么优化初始结构使得初始与终止的晶胞参数相一致呢(换句话说,初始结构与最终结构晶胞参数不同能否研究过渡态)?
---
6楼2015-10-16 08:45:03
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