24小时热门版块排行榜    

查看: 1465  |  回复: 5

huakai8710

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】ms中也搜寻过渡态,那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗? 已有4人参与

ms中也搜寻过渡态,那ms能用来搜寻有机小分子催化的过渡态吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fegg7502

荣誉版主 (知名作家)

优秀版主

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
luoqiquan(金币+1):thanks 2010-10-01 17:07:12
可以的,dmol3
心诚意正,方可始终;身无苦灭,永登光明。
2楼2010-10-01 16:28:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wxb711320

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1):感谢交流! 2010-10-03 08:23:54
请问楼上,dmol3能算过渡态吗,貌似不能吧!我不太清楚,反正DS也是dmol3
,人家告诉我不能算过渡态!
3楼2010-10-01 21:37:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huakai8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38:
可以的,dmol3

我用dmol3算了一个-COOH....N=C-间的过渡态,用粗略的方法,他搜索不到过渡态便罢了,但是他最后的构型是把H逼到N里面去了,就是H和N重叠了。请问是我的初始和最终构型不对,还是我用的这两个分子没有过渡态,还是怎么回事哦?
O(∩_∩)O谢谢
4楼2010-10-03 10:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huakai8710

新虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38:
可以的,dmol3

请问你晓得用ms中的DMOL3怎么算频率吗?

我把输出的.xsd文件转为.mol输入文件,然后用DMOL3的TS optimization优化,它就出现下面的警示窗口:

In order to perform this calculation, a Hessian matrix must be present in the model.
A Hessian matrix can be generated by running a frequency calculation on the model.
Alternatively, a valid Hessian matrix can be imported.
Once a Hessian is present, a normal mode should then be selected.

请问这是怎么回事?
该怎么办?
谢谢~
5楼2010-10-06 19:36:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh11111

银虫 (正式写手)

---

引用回帖:
2楼: Originally posted by fegg7502 at 2010-10-01 16:28:38
可以的,dmol3

您好我想请教一下:我研究的是一个A+B生成AB的反应,A分子掺进B结构中同时改变B原有的结构。要研究过渡态就要确定初始与最终的结构。现A,B,AB的初始结构都已优化,接下来要做的就是将A分子放到B结构中优化,使得与最终结构AB对应。那么问题是,比如初始状态的B结构是四方相7 4 15,最终结构是四方相8  8 13,那我该怎么优化初始结构使得初始与终止的晶胞参数相一致呢(换句话说,初始结构与最终结构晶胞参数不同能否研究过渡态)?
---
6楼2015-10-16 08:45:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huakai8710 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕306英一数二 +7 z1z2z3879 2026-03-16 9/450 2026-03-17 17:31 by ccjequ
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +4 慕寒mio 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:17 by ruiyingmiao
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:16 by ruiyingmiao
[考研] 26考研求调剂 +6 丶宏Sir 2026-03-13 6/300 2026-03-17 16:13 by 醉在风里
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[硕博家园] 深圳大学硕士招生(2026秋,传感器方向,仅录取第一志愿) +4 xujiaoszu 2026-03-11 9/450 2026-03-17 10:29 by xujiaoszu
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 267一志愿南京工业大学0817化工求调剂 +6 SUICHILD 2026-03-12 6/300 2026-03-17 09:24 by 雾散后相遇lc
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +7 Ncdx123456 2026-03-13 8/400 2026-03-16 12:15 by karry wen
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油!? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考博] 26读博 +4 Rui135246 2026-03-12 10/500 2026-03-13 07:15 by gaobiao
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
信息提示
请填处理意见