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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】vasp的计算时间含义
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nkleof

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】vasp的计算时间含义

优化一个结构，发现每个离子步的计算有两个计算时间数据，一个是cpu time，一个是real time，而且两个数据有时候差别较大。
我的理解是cpu time是vasp100%利用cpu运算的时间，real time是整个作业所耗的时间，包含数据读取写入或者并行节点间的等待时间等等。cpu time和real time的比值表示并行计算效率。
那么从下面的优化时间数据来看，对于同一个体系结构，进行优化的中间各步的计算效率差别会比较大，这是为什么？各步的内存占用应该是差不多的啊，为什么有的效率高，有的效率低？影响计算效率的关键因素是什么呢？
     LOOP+:  cpu time31435.63: real time49241.05
     LOOP+:  cpu time17906.79: real time18247.08
     LOOP+:  cpu time17024.20: real time27126.50
                                  ~~~~~~              ~~~~~~
     LOOP+:  cpu time15354.10: real time18461.83
     LOOP+:  cpu time17565.64: real time19907.05
     LOOP+:  cpu time15009.27: real time15473.92
     LOOP+:  cpu time16362.70: real time27032.38
     LOOP+:  cpu time20439.95: real time24267.30
     LOOP+:  cpu time 7985.91: real time 8122.31
                                  ~~~~~                ~~~~~~
     LOOP+:  cpu time16603.43: real time16930.20
     LOOP+:  cpu time14694.33: real time14986.32
     LOOP+:  cpu time14642.99: real time35428.18
                                 ~~~~~~               ~~~~~~
     LOOP+:  cpu time14783.55: real time15176.58

[ Last edited by mazuju028 on 2010-9-27 at 15:05 ]
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1楼 2010-09-27 10:03:39
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
nkleof(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币+1):谢谢讨论 2010-09-29 15:20:30
赞同楼上的说法，并行计算要要给每个cpu分配任务，但它们并不是同时完成的。这样就会出现很多cpu在等最慢的那一个的情况
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心之所向无惧无悔
6楼2010-09-29 14:42:44
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★
nkleof(金币+1):谢谢参与
aylayl08(金币+1):谢谢指点 2010-09-28 16:42:22
决定每步优化时间的是scf循环的次数，对于不同的结构，scf循环的次数显然是不同的。
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-09-28 10:44:55
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nkleof

银虫 (正式写手)
★
aylayl08(金币+1):感谢发问讨论 2010-09-28 16:42:42
引用回帖:
Originally posted by dxcharlary at 2010-09-28 10:44:55:
决定每步优化时间的是scf循环的次数，对于不同的结构，scf循环的次数显然是不同的。

这个是可以理解的。但是问题是为什么不同的中间结构的优化过程中，vasp利用cpu计算的效率会有很大的差别？有的情况下几乎所有时间vasp都在进行运算，而有的情况下似乎vasp程序没有利用cpu，而是空闲等待，导致real time远大于cpu time，这是如何产生的？
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-09-28 11:21:10
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★
aylayl08(金币+1):感谢提示 2010-09-29 12:27:02
nkleof(金币+4):谢谢讨论！ 2010-09-29 18:55:55
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2010-09-28 11:21:10:

这个是可以理解的。但是问题是为什么不同的中间结构的优化过程中，vasp利用cpu计算的效率会有很大的差别？有的情况下几乎所有时间vasp都在进行运算，而有的情况下似乎vasp程序没有利用cpu，而是空闲等待，导致r ...

注意一下NPAR&LPLANE的参数，我怀疑会出现你说的远大于的情况是因为CPU没有被平均分配的原因。
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5楼2010-09-29 11:09:03
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