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maqihx金虫 (小有名气)
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[交流]
【请教】请教一个问题
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| 想在cif文件中出现氢键信息，但是不知道氢键的对称代码给如何寻找，所以在ins文件中就不能通过命令在cif文件中产生，请问哪位能指点指点？谢谢！ |
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xiaochong98
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2楼2010-09-17 08:41:05
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maqihx(金币+2):谢谢参与
wsht212(金币+3):谢谢交流，希望常来！ 2010-09-17 13:06:39
maqihx(金币+2):谢谢参与
wsht212(金币+3):谢谢交流，希望常来！ 2010-09-17 13:06:39
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教你个详细点的： 1. 先在.ins中加 HTAB (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 2. 从.lst中 查看可能的氢键, 一般会看到如下 Hydrogen bonds with H..A < r(A) + 2.000 Angstroms and D-H d(D-H) d(H..A) O19-H3 0.864 2.168 154.00 2.969 O4 [ -x, -y, -z ] O21-H6 0.857 1.949 144.74 2.695 O27 [ -x, -y, -z+1 ] 3. 在 .ins中, 加以下行 ACTA BOND $H HTAB HTAB O25 O21 EQIV $1 -x, -y, -z EQIV $2 -x, -y, 1-z HTAB O19 O4_$1 HTAB O21 O27_$2 (加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方) 4. 精修n轮到收敛 5. 那么, 在.lst中 你会看到 Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H) D-H H...A D...A <(DHA) 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 O25-H13...O21 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) O19-H3...O4_$1 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) O21-H6...O27_$2 5. 而在 .cif中, 你会看到以下信息. 注意一下 symmtry code的对应关系. 比如3556 表示 -x, -y, 1-z _symmetry_cell_setting monoclinic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x, y, z' '-x+1/2, y+1/2, -z+1/2' '-x, -y, -z' 'x-1/2, -y-1/2, z-1/2' (这是P21/n空间群相对应的四个symmetry operations) loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O25 H13 O21 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 . O19 H3 O4 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) 3 O21 H6 O27 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) 3_556  |
3楼2010-09-17 13:01:47