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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教MS modeling 里的Display Style 已有4人参与

各位,在MS modeling 里的Display Style 的Default,Incell,Orignal到底有什么区别,提交计算时用哪一种?另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换,大家又遇到过这种情况吗?怎么解决呀?多谢!
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渔火江枫

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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-09-14 16:59:27
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 10:20:25:
各位,在MS modeling 里的Display Style 的Default,Incell,Orignal到底有什么区别,提交计算时用哪一种?另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换,大家又遇到过这种情况吗?怎么解决呀?多谢!

都一样,display style很明显是为了不同人的视图习惯设计的,其实提交计算的结构文件完全一致,不用在这上面太纠结. 你说的原子序号错位的情况我没有遇到过,不了解.
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2楼2010-09-14 14:03:15
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

多谢!把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开,显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR?
3楼2010-09-14 14:29:14
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渔火江枫

金虫 (小有名气)


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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢!把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开,显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR?

你的描述太拗口,还是不太明白你的问题,很抱歉。我们也是把CONTCAR转成cif格式。或者你把两个结构文件发给我,看看能不能帮上。email: liuxingw3@163.com
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4楼2010-09-14 17:45:04
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zzy870720z

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aylayl08(金币+1):感谢回复 2010-09-15 15:55:15
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢!把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开,显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR?

试试vesta
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5楼2010-09-14 19:39:42
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

多谢!我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期,后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说,是不是只要原子个数一样,坐标可以不一样,但最后的能量应该一样的?
6楼2010-09-15 08:50:14
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渔火江枫

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aylayl08(金币+3):感谢回复 2010-09-15 15:55:23
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 08:50:14:
多谢!我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期,后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说,是不是只要原子个数一样,坐标可以不一样,但最后的能量应该一样的?

大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型,结构优化后,边界的上的一个原子驰豫到下一周期,同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作,净的结果是原子个数没变,而优化结构坐标的变化是肯定有的。体系的能量决定于体系的几何结构(坐标),坐标不同,原则上体系的能量会不同
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7楼2010-09-15 10:03:18
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

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Originally posted by 渔火江枫 at 2010-09-15 10:03:18:


大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型,结构优化后,边界的上的一个原子驰豫到下一周期,同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作,净的结果是原子个数没变,而优化结构坐标的变 ...

谢谢!但是这是周期体系,我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格,但在计算的时候应该是在无限扩展的吧,这样的话只要计算收敛,能量不应该一样吗?
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的,可算完之后偏偏出现了这种部分原子跑到下一个周期中了,请教原因?谢谢!
8楼2010-09-15 10:16:10
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渔火江枫

金虫 (小有名气)

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aylayl08(金币+2):感谢讨论 2010-09-15 15:55:39
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 10:16:10:



谢谢!但是这是周期体系,我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格,但在计算的时候应该是在无限扩展的吧,这样的话只要计算收敛,能量不应该一样吗?
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的,可 ...

嗯,能量一不一样要看相对与谁,我觉得结构优化后,原子坐标变动是很自然的事情,体系的能量必然是降低的,当一个结构优化计算正常收敛,给出的结构和对应的能量应该是可靠的.
至于原子为什么跑到下一周期,这大概涉及到这种模型方法的基本思想吧,刚接触时,我也想过没想明白,现在也说不明白.但是,可以想象这个周期的原子走到下一周期,它的上一周期同样位子的原子同样的动作补充到这个周期中,原子数不会变.
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9楼2010-09-15 10:52:39
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

恩 多谢渔火江枫兄,应该要这样理解吧。
10楼2010-09-15 11:57:41
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