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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教MS modeling 里的Display Style
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lgxyz

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教MS modeling 里的Display Style 已有4人参与

各位，在MS modeling 里的Display Style 的Default，Incell，Orignal到底有什么区别，提交计算时用哪一种？另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换，大家又遇到过这种情况吗？怎么解决呀？多谢！
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1楼 2010-09-14 10:20:25
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渔火江枫

金虫 (小有名气)
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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-09-14 16:59:27
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 10:20:25:
各位，在MS modeling 里的Display Style 的Default，Incell，Orignal到底有什么区别，提交计算时用哪一种？另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换，大家又遇到过这种情况吗？怎么解决呀？多谢！

都一样,display style很明显是为了不同人的视图习惯设计的,其实提交计算的结构文件完全一致,不用在这上面太纠结. 你说的原子序号错位的情况我没有遇到过,不了解.
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2楼2010-09-14 14:03:15
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？
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3楼2010-09-14 14:29:14
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渔火江枫

金虫 (小有名气)
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？

你的描述太拗口，还是不太明白你的问题，很抱歉。我们也是把CONTCAR转成cif格式。或者你把两个结构文件发给我，看看能不能帮上。email: liuxingw3@163.com
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4楼2010-09-14 17:45:04
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zzy870720z

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aylayl08(金币+1):感谢回复 2010-09-15 15:55:15
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？

试试vesta
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博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2010-09-14 19:39:42
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
多谢！我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期，后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说，是不是只要原子个数一样，坐标可以不一样，但最后的能量应该一样的？
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6楼2010-09-15 08:50:14
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渔火江枫

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aylayl08(金币+3):感谢回复 2010-09-15 15:55:23
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 08:50:14:
多谢！我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期，后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说，是不是只要原子个数一样，坐标可以不一样，但最后的能量应该一样的？

大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型，结构优化后，边界的上的一个原子驰豫到下一周期，同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作，净的结果是原子个数没变，而优化结构坐标的变化是肯定有的。体系的能量决定于体系的几何结构（坐标），坐标不同，原则上体系的能量会不同
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7楼2010-09-15 10:03:18
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 渔火江枫 at 2010-09-15 10:03:18:


大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型，结构优化后，边界的上的一个原子驰豫到下一周期，同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作，净的结果是原子个数没变，而优化结构坐标的变 ...

谢谢！但是这是周期体系，我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格，但在计算的时候应该是在无限扩展的吧，这样的话只要计算收敛，能量不应该一样吗？
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的，可算完之后偏偏出现了这种部分原子跑到下一个周期中了，请教原因？谢谢！
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8楼2010-09-15 10:16:10
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渔火江枫

金虫 (小有名气)
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aylayl08(金币+2):感谢讨论 2010-09-15 15:55:39
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Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 10:16:10:



谢谢！但是这是周期体系，我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格，但在计算的时候应该是在无限扩展的吧，这样的话只要计算收敛，能量不应该一样吗？
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的，可 ...

嗯,能量一不一样要看相对与谁,我觉得结构优化后,原子坐标变动是很自然的事情,体系的能量必然是降低的,当一个结构优化计算正常收敛,给出的结构和对应的能量应该是可靠的.
至于原子为什么跑到下一周期,这大概涉及到这种模型方法的基本思想吧,刚接触时,我也想过没想明白,现在也说不明白.但是,可以想象这个周期的原子走到下一周期,它的上一周期同样位子的原子同样的动作补充到这个周期中,原子数不会变.
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9楼2010-09-15 10:52:39
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
恩 多谢渔火江枫兄，应该要这样理解吧。
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10楼2010-09-15 11:57:41
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