应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】请教MS modeling 里的Display Style
111/2返回列表12下一页
查看: 2062  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lgxyz

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教MS modeling 里的Display Style 已有4人参与

各位，在MS modeling 里的Display Style 的Default，Incell，Orignal到底有什么区别，提交计算时用哪一种？另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换，大家又遇到过这种情况吗？怎么解决呀？多谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-09-14 10:20:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渔火江枫

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-09-14 16:59:27
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 10:20:25:
各位，在MS modeling 里的Display Style 的Default，Incell，Orignal到底有什么区别，提交计算时用哪一种？另外计算前后不同序号的原子的位置会发生互换，大家又遇到过这种情况吗？怎么解决呀？多谢！

都一样,display style很明显是为了不同人的视图习惯设计的,其实提交计算的结构文件完全一致,不用在这上面太纠结. 你说的原子序号错位的情况我没有遇到过,不了解.
赞一下(2人) 回复此楼
IdeasWorthSpreading!
2楼2010-09-14 14:03:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？
赞一下 回复此楼
3楼2010-09-14 14:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渔火江枫

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？

你的描述太拗口，还是不太明白你的问题，很抱歉。我们也是把CONTCAR转成cif格式。或者你把两个结构文件发给我，看看能不能帮上。email: liuxingw3@163.com
赞一下(1人) 回复此楼
IdeasWorthSpreading!
4楼2010-09-14 17:45:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

优秀版主优秀版主优秀版主优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1):感谢回复 2010-09-15 15:55:15
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-09-14 14:29:14:
多谢！把CONCAR转化成.cif文件后用MS打开，显示了属于不同晶格的对应的相同序号的原子。请问你用什么来看CONTAR？

试试vesta
回复此楼
博学、审问、慎思、明辨、笃学
5楼2010-09-14 19:39:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)
多谢！我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期，后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说，是不是只要原子个数一样，坐标可以不一样，但最后的能量应该一样的？
赞一下 回复此楼
6楼2010-09-15 08:50:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渔火江枫

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+3):感谢回复 2010-09-15 15:55:23
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 08:50:14:
多谢！我看了下产生的CONTCAR的对应的原子的坐标就已经比原来大了一个晶格周期，后来我就自己动手减去了一个晶格周期。
还有对于周期体系来说，是不是只要原子个数一样，坐标可以不一样，但最后的能量应该一样的？

大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型，结构优化后，边界的上的一个原子驰豫到下一周期，同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作，净的结果是原子个数没变，而优化结构坐标的变化是肯定有的。体系的能量决定于体系的几何结构（坐标），坐标不同，原则上体系的能量会不同
赞一下(2人) 回复此楼
IdeasWorthSpreading!
7楼2010-09-15 10:03:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 渔火江枫 at 2010-09-15 10:03:18:


大体能明白你要表达的意思。对于一个有周期性边界条件的slab模型，结构优化后，边界的上的一个原子驰豫到下一周期，同样它上一个周期中相应的原子会有同样的动作，净的结果是原子个数没变，而优化结构坐标的变 ...

谢谢！但是这是周期体系，我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格，但在计算的时候应该是在无限扩展的吧，这样的话只要计算收敛，能量不应该一样吗？
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的，可算完之后偏偏出现了这种部分原子跑到下一个周期中了，请教原因？谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2010-09-15 10:16:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

渔火江枫

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+2):感谢讨论 2010-09-15 15:55:39
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2010-09-15 10:16:10:



谢谢！但是这是周期体系，我们显示或给出的坐标只是其中的一个晶格，但在计算的时候应该是在无限扩展的吧，这样的话只要计算收敛，能量不应该一样吗？
还有我在建模型的时候明明就是在一个晶格里面建的，可 ...

嗯,能量一不一样要看相对与谁,我觉得结构优化后,原子坐标变动是很自然的事情,体系的能量必然是降低的,当一个结构优化计算正常收敛,给出的结构和对应的能量应该是可靠的.
至于原子为什么跑到下一周期,这大概涉及到这种模型方法的基本思想吧,刚接触时,我也想过没想明白,现在也说不明白.但是,可以想象这个周期的原子走到下一周期,它的上一周期同样位子的原子同样的动作补充到这个周期中,原子数不会变.
赞一下(2人) 回复此楼
IdeasWorthSpreading!
9楼2010-09-15 10:52:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lgxyz

铜虫 (正式写手)
恩 多谢渔火江枫兄，应该要这样理解吧。
赞一下 回复此楼
10楼2010-09-15 11:57:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lgxyz 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭